Teste 02 do scriptLattes + Qualis (periodo 2001-2014)

Total de projetos de pesquisa

Número total de itens: 83

2014

2014-Atual. Análise do transciptoma de Leptospira biflexa obtido por RNA-seq em séries temporais sob estresse induzido por danos no DNA
Descrição: O presente projeto tem o objetivo de estabelecer um grupo de pesquisa interdisciplinar que atue na produção e análise de dados de genômica e transcriptômica de larga escala. Para isto, propomos estudar o padrão de resposta transcricional do organismo modelo Leptospira biflexa ao estresse induzido por alterações no DNA. O projeto visa (i) identificar os genes diferencialmente expressos entre as condições controle, estresse oxidativo por presença de ferro e efeito de UV em diferentes tempos, (ii) caracterizar a evolução temporal das redes de genes relacionados ao reparo de DNA, (iii) reconstruir as redes de transcritos envolvidos na ativação por UV, e (iv) comparar os resultados obtidos para L. biflexa com L. interrogans.O projeto possui também a meta de qualificar recursos humanos para as análises de dados de RNA-seq, o que é um desafio de bioinformática e de otimização computacional.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: David Corrêa Martins Junior - Coordenador / Ana Carolina Quirino Simões - Integrante / Renata Maria Augusto da Costa - Integrante.
Membro: David Corrêa Martins Junior.

2013

1.	2013-Atual. Aprendizagem de operadores de imagens - Aplicações em detecção de objetos e segmentação de imagens Descrição: Dado o volume crescente de imagens geradas atualmente, a importância de métodos de processamento e análise que possam ser facilmente adaptados para diferentes t ipos de imagens está cada vez mais evidente. Dentre tarefas comuns em processame nto de imagens destacam-se a segmentação e a detecção de objetos de interesse. D e um lado, os operadores morfológicos são ferramentas poderosas que podem ser ut ilizados na solução dessas tarefas. De outro lado, aprendizagem computacional é uma abordagem que permite a adaptação de métodos de processamento de um contexto para outro. A aliança desses dois vem gerando técnicas de aprendizagem de opera dores morfológicos a partir de imagens de treinamento. No entanto, os resultados satisfatórios ainda estão restritos ao contexto de processamento de imagens bin árias. Este projeto de pesquisa visa avanços no estado-da-arte em aprendizagem d e operadores morfológicos para imagens níveis de cinza, e especialmente voltados para os problemas de detecção de objetos e segmentação de imagens. Uma das cont ribuições esperadas desta proposta é a solução de problemas reais de detecção e segmentação de objetos em imagens de diferentes áreas tais como Astronomia, Ocea nografia e Biologia, em colaborações multidisciplinares mantidas pelos membros d a equipe.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Nina Sumiko Tomita Hirata - Coordenador / Roberto Hirata Jr. - Integrante / Carlos da Silva dos Santos - Integrante. Membro: Nina Sumiko Tomita Hirata.
2.	2013-Atual. Aquisição, gerenciamento, aprimoramento, análise e visualização de imagens de tomografia biomagnética. Descrição: Esse projeto faz parte de um projeto maior chamado: "Implantação de Infraestrutura em Engenharia Biomédica na Unifesp para Desenvolvimento de Inovação Tecnológica na Saúde: Tomografia Biomagnética". Valor total: até R$ 2.462.525,00, sendo: R$ 2.347.325,00 destinados ao Acordante por meio de aporte direto, R$ 115.200,00 destinados a Bolsas de Desenvolvimento Científico e Tecnológico, a serem transferidos pelo Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - CNPq; Fonte: Saúde.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Paulo André Vechiatto de Miranda - Integrante / IDE, JAIME S. - Integrante / CAPPABIANCO, FABIO A. M. - Integrante / Carlos Marcelo Gurjão de Godoy - Coordenador. Financiador(es): FIPECq-FUND.PREV.EMP. FINEP,IPEA E CNPq - Auxílio financeiro. Membro: Paulo André Vechiatto de Miranda.
3.	2013-Atual. Busca inteligente em laudos e imagens de ultrassonografia Descrição: Este projeto tem como objetivo a pesquisa e desenvolvimento de uma ferramenta de software capaz de realizar pesquisas em laudos e imagens de exames de ultrassonografia feitos através do Sistema Único de Saúde (SUS). Este projeto será realizado em parceria com o Instituto de Pesquisa e Ensino em Medicina Diagnóstica e Terapêutica (IPmed), que disponibilizará a base de dados. O desenvolvimento desta ferramenta possibilitará a extração de informações sobre a situação da saúde dessa parcela da população que utiliza os serviços do SUS.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Doutorado: (1) . Integrantes: Marcel Parolin Jackowski - Coordenador / LÚCIO VALENTIN - Integrante. Financiador(es): IPMED - Auxílio financeiro. Membro: Marcel Parolin Jackowski.
4.	2013-Atual. Centro de Pesquisa, Inovação e Difusão em Neuromatemática - NeuroMat Descrição: O projeto trata da criação de um centro de matemática, integrando modelagem matemática com pesquisa básica e aplicada na fronteira da neurociência. Importante motivação para a criação do centro é a grande quantidade de dados que os laboratórios de pesquisas são capazes de gerar atualmente e cuja análise depende de novos modelos matemáticos. Também, o desenvolvimento de linguagem e estruturas matemáticas adequadas é essencial para desenvolver teorias explicando os fatos experimentais e sugerindo predições que possam ser testadas. O projeto visa construir um centro de pesquisa avançada em neurociência teórica, reunindo uma equipe de ponta composta de matemáticos, cientistas da computação, neurocientistas e clínicos especialistas em reabilitação. Mais detalhes em: http://neuromat.numec.prp.usp.br/. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Kelly Rosa Braghetto - Integrante / Jefferson Antônio Galves - Coordenador. Membro: Kelly Rosa Braghetto.
5.	2013-Atual. NAP-USP - NUSCEP Núcleo de Pesquisa em Sinalização Celular na Interação Patógeno-Hospedeiro Descrição: O estudo da biologia de parasitas, vírus e príons e de sua interação com o hospedeiro é fundamental para o desenvolvimento de novas estratégias que resultem em avanços nas áreas da saúde pública, agricultura e economia. Embora atualmente ocorra um crescente progresso na elucidação de mecanismos pelos quais os patógenos desenvolvem-se, nosso completo entendimento sobre as bases moleculares e celulares do processo de patogenicidade ainda é escasso. Portanto, o objetivo de se formar o NUSCEP é promover a integração de esforços em três abordagens: 1) caracterização das vias de sinalização e validação de sua relevância no ciclo infeccioso de patógenos a fim de identificar novas estratégias de controle; 2) investigação dos mecanismos pelos quais a resposta imune é modulada pelo patógeno; 3) uso da bioinformática para integração funcional de redes de sinalização dos processos biológicos. A proposta engloba pesquisadores de diferentes áreas, tais como, bioquímica, biologia celular e molecular, imunologia e bioinformática. A integração dessas áreas em torno de questões relevantes aos diversos aspectos da patogenicidade é chave na identificação dos componentes envolvidos em vias de sinalização que regulam interação e desenvolvimento dos patógenos. Nesse sentido nossas pesquisas incluirão estudos com Plasmodium falciparum e Plasmodium vivax, agentes etiológicos da malária humana, HPV, vírus responsável pela progressão do câncer de colo uterino em 99% dos casos relatados e príon, que desempenha papel crucial em encefalopatias espongiformes transmissíveis. Outro aspecto abordado incluirá a modulação da resposta imune na infecção. Tendo-se em vista a complexidade dos problemas, o uso de modelos computacionais será uma ferramenta complementar importante na integração e formação de redes de sinalização. Portanto, o apoio ao NUSCEP trará enormes frutos na formação de recursos humanos, geração de novas ideias e integração de áreas distintas, porém complementares.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: David Corrêa Martins Junior - Integrante / Ronaldo Fumio Hashimoto - Integrante / Celia Regina S Garcia - Coordenador. Membro: David Corrêa Martins Junior. Descrição: O estudo da biologia de parasitas, vírus e príons e de sua interação com o hospedeiro é fundamental para o desenvolvimento de novas estratégias que resultem em avanços nas áreas da saúde pública, agricultura e economia. Embora atualmente ocorra um crescente progresso na elucidação de mecanismos pelos quais os patógenos desenvolvem-se, nosso completo entendimento sobre as bases moleculares e celulares do processo de patogenicidade ainda é escasso. Portanto, o objetivo de se formar o NUSCEP é promover a integração de esforços em três abordagens: 1) caracterização das vias de sinalização e validação de sua relevância no ciclo infeccioso de patógenos a fim de identificar novas estratégias de controle; 2) investigação dos mecanismos pelos quais a resposta imune é modulada pelo patógeno; 3) uso da bioinformática para integração funcional de redes de sinalização dos processos biológicos. A proposta engloba pesquisadores de diferentes áreas, tais como, bioquímica, biologia celular e molecular, imunologia e bioinformática. A integração dessas áreas em torno de questões relevantes aos diversos aspectos da patogenicidade é chave na identificação dos componentes envolvidos em vias de sinalização que regulam interação e desenvolvimento dos patógenos. Nesse sentido nossas pesquisas incluirão estudos com Plasmodium falciparum e Plasmodium vivax, agentes etiológicos da malária humana, HPV, vírus responsável pela progressão do câncer de colo uterino em 99% dos casos relatados e príon, que desempenha papel crucial em encefalopatias espongiformes transmissíveis. Outro aspecto abordado incluirá a modulação da resposta imune na infecção. Tendo-se em vista a complexidade dos problemas, o uso de modelos computacionais será uma ferramenta complementar importante na integração e formação de redes de sinalização. Portanto, o apoio ao NUSCEP trará enormes frutos na formação de recursos humanos, geração de novas ideias e integração de áreas distintas, porém complementares. . Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Ronaldo Fumio Hashimoto - Integrante / David C Martins - Integrante / Célia Regina da Silva Garcia - Coordenador. Membro: Ronaldo Fumio Hashimoto.
6.	2013-Atual. Novas Técnicas de Processamento e Análise de Imagens usando Grafos e suas Implementações em uma Ferramenta Online para Processamento 2D e 3D de Imagens Médicas e Naturais Descrição: Matemática discreta fornece uma estrutura elegante para o processamento de imagens, sendo rica em algoritmos eficientes, com provas de corretude. Como consequência, muitos métodos recentes de processamento de imagem têm sido modelados como problemas de busca e otimização em grafos. Métodos tradicionais podem também ser reformulados com base em grafos, levando a implementações mais eficientes, e/ou favorecendo análises teóricas, o que possibilita o desenvolvimento de novas extensões. Por outro lado, as peculiaridades do processamento de imagem exigem adaptações específicas, o que gera novos desafios de pesquisa e oportunidades, visto a crescente quantidade de publicações na área. Alguns dos tópicos a serem investigados compreendem: Restrições topológicas, automação, sinergia entre operadores de imagem, funções de conexidade não suaves no arcabouço da transformada imagem-floresta (IFT), métodos híbridos, e reconhecimento de padrões por grafos. Como resultado desta pesquisa, visamos a implementação de uma ferramenta online em HTML5, WebGL e Node.JS, que favoreça a divulgação científica dos resultados de pesquisa e a sua visibilidade externa. A ferramenta irá permitir vários modos de visualização, edição, e segmentação, de modo integrado, com recursos de colaboração em tempo real na Web, e com especial atenção para imagens médicas multimodais e tridimensionais (ex: ressonância magnética (RM) para a pesquisa em neurologia).. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Mestrado acadêmico: (5) . Integrantes: Paulo André Vechiatto de Miranda - Coordenador / Alexandre Xavier Falcão - Integrante / CIESIELSKI, KRZYSZTOF C. - Integrante / Fabio Augusto Menocci Cappabianco - Integrante. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro. Membro: Paulo André Vechiatto de Miranda.
7.	2013-Atual. NUVEM - Núcleo Estratégico de Universos Virtuais, Entretenimento e Mobilidade Descrição: O Núcleo Estratégico de Universos Virtuais, Entretenimento e Mobilidade (NUVEM) tem o objetivo de produzir novos conhecimentos, formar recursos humanos de alto nível e gerar soluções inovadoras e interdisciplinares em áreas relacionadas com as Tecnologias de Informação e Comunicação (TICs) e suas interações com demandas da sociedade, como melhoria da qualidade de vida dos cidadãos e sustentabilidade.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Jesús Pascual Mena Chalco - Integrante / João Paulo Gois - Integrante / Ronaldo Cristiano Prati - Integrante / Carlos Alberto Kamienski - Coordenador / André Guilherme Balan - Integrante / Celso Setsuo Kurashima - Integrante / Claudio de Camargo Penteado - Integrante / Denise Hideko Goya - Integrante / Fabiana Soares Santana - Integrante / Fabricio Olivetti de França - Integrante / Gustavo Sousa Pavani - Integrante / Harlen Costa Batagelo - Integrante / Helio Waldman - Integrante / Itana Stiubiener - Integrante / João Henrique Kleinschmidt - Integrante / Juliana Cristina Braga - Integrante / Luiz Henrique Bonani - Integrante / Sergio Amadeu de Oliveira - Integrante. Membro: Jesús Pascual Mena Chalco.
8.	2013-Atual. Reconhecimento de padrões em sequências genômicas: um estudo de caso utilizando redes complexas Descrição: Um dos problemas mais desafiadores na pesquisa em bioinformática é a descoberta de padrões (conhecimento) a partir da avalanche de dados biológicos produzidos diariamente. Nesse contexto, este projeto de pesquisa aborda essa questão propondo o estudo de sequências genômicas e o desenvolvimento de métodos de reconhecimento de padrões para identificação e posterior caracterização de fenômenos biológicos de interesse. A primeira etapa concentra-se na representação das sequências genômicas como redes complexas. Em seguida, as redes serão utilizadas na extração de características, as quais serão obtidas por meio de medidas das redes. Essas características em conjunto formam um vetor de características, um para cada sequência, que representam a sumarização dos dados da sequência. Em seguida, com base nas características extraídas, é proposto o desenvolvimento de um modelo computacional para reconhecer padrões e classificá-las de acordo com os objetivos de interesse. Outras fontes de informação que podem ser exploradas nas sequências genômicas são características baseadas na teoria da informação, como entropia e informação mútua. O escopo deste projeto está diretamente relacionado com um dos cinco grandes desafios identificados pela Sociedade Brasileira de Computação: modelagem computacional de sistemas complexos.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (2) / Especialização: (1) / Mestrado profissionalizante: (1) / Doutorado: (1) . Integrantes: Fabrício Martins Lopes - Coordenador / Douglas Silva Domingues - Integrante / Luiz Filipe Protasio Pereira - Integrante / Alexandre Rossi Paschoal - Integrante / Andre Yoshiaki Kashiwabara - Integrante / Mariangela Hungria da Cunha - Integrante / Laurival Antonio Vilas-Boas - Integrante. Financiador(es): Fundação Araucária - Auxílio financeiro.Número de orientações: 4 Membro: Fabrício Martins Lopes.
9.	2013-Atual. Temático-Pronex: Modelos e métodos de e-Science para ciências da vida e agrárias Descrição: A ciência moderna é crescentemente interdisciplinar e intensiva em dados. Na área de ciências da vida, por exemplo, com o surgimento de plataformas de alto desempenho para análise de imagens e estudos genômicos, o gargalo não está mais na aquisição de dados, mas sim no seu armazenamento, processamento, análise e visualização. Este cenário levou ao surgimento de um novo campo de pesquisa - eScience - que combina pesquisa avançada em computação e em modelagem matemática para permitir e acelerar pesquisa em outros domínios do conhecimento, desde as ciências exatas até as humanidades e artes. A eScience envolve a chamada "computação centrada em dados" (data-intensive computing), com a busca de soluções para gerenciamento de grandes volumes de dados produzidos por (e para) experimentos científicos, para que a descoberta científica não venha a ser detida pelo "dilúvio de dados". Este projeto visa a criação de uma rede colaborativa de eScience para acelerar pesquisa avançada em ciências da vida (biologia, medicina, oceanografia) e ciências agrárias. Está estruturado em tomo de cinco linhas de pesquisa - biologia de sistemas, planejamento de safras, computação visual, modelagem matemática e bancos de dados. Dentro dessas linhas, serão tratadas questões em aberto associadas às principais componentes de um ambiente de pesquisa em eScience: armazenamento, processamento, análise e visualização de grandes volumes de dados científicos. Os pesquisadores principais têm histórico de cooperação e coordenação de projetos nessas linhas. Questões de interoperalidade permeiam todo o projeto.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: David Corrêa Martins Junior - Integrante / Roberto Marcondes Cesar Jr - Coordenador. Membro: David Corrêa Martins Junior.

2012

1.	2012-Atual. Integração de dados na biologia sistêmica: um estudo de caso em Arabidopsis Thaliana Descrição: Um dos problemas mais desafiadores na pesquisa em bioinformática é a inferência de redes de regulação gênica (GRNs) a partir de seus perfis de expressão. Em geral, as principais limitações encontradas estão relacionadas ao pequeno número de amostras disponíveis com alta dimensionalidade e ao ruído intrínseco das medidas de expressão. Em face a essas limitações, se torna evidente a necessidade do desenvolvimento de métodos alternativos para recuperar as redes gênicas de forma mais adequada e com mais precisão. Nesse contexto, este projeto de pesquisa aborda essa questão propondo a integração de dados biológicos públicos, provenientes de diversas naturezas para a inferência de GRNs, considerando como escopo deste projeto o estudo de caso na Arabidopsis Thaliana. A primeira etapa concentra-se na integração de informações de anotação gênica, proteoma, metaboloma, transcriptoma e estrutura topológica das redes, dentre outras informações biológicas conhecidas. Em seguida, com base nas informações biológicas, desenvolver um modelo matemático para a geração de vetores de características que representem a sumarização desses dados. Outra fonte de informação a ser considerada é a estrutura topológica das redes biológicas conhecidas, as quais a princípio serão caracterizadas utilizando-se as medidas vindas da teoria de redes complexas. O escopo deste projeto está diretamente relacionado com um dos cinco grandes desafios identificados pela Sociedade Brasileira de Computação: modelagem computacional de sistemas complexos.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (2) / Especialização: (1) / Mestrado profissionalizante: (1) / Doutorado: (1) . Integrantes: Fabrício Martins Lopes - Coordenador / Fábio Fernandes da Rocha Vicente - Integrante / Gabriel Rubino - Integrante / Douglas Silva Domingues - Integrante / Alexandre Rossi Paschoal - Integrante / Andre Yoshiaki Kashiwabara - Integrante. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro. Número de produções C, T A: 5 / Número de orientações: 5 Membro: Fabrício Martins Lopes.
2.	2012-Atual. Modelos e métodos de e-Science para ciências da vida e agrárias Descrição: Este projeto visa a criação de uma rede colaborativa de eScience para acelerar pesquisa avançada em ciências da vida (biologia, medicina, oceanografia) e ciências agrárias. Está estruturado em tomo de cinco linhas de pesquisa - biologia de sistemas, planejamento de safras, computação visual, modelagem matemática e bancos de dados. Vigência: 01 de fevereiro de 2012 - 31 de janeiro de 2016. Coordenador Geral Roberto Marcondes Cesar Jr.. Coordenador da área de Banco de Dados: João Eduardo Ferreira.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Doutorado: (2) . Integrantes: João Eduardo Ferreira - Integrante / Marcelo Camacho Souza - Integrante / Roberto Marcondes Cesar Junior - Coordenador / João Marcelo Borovina Josko - Integrante. Membro: João Eduardo Ferreira.
3.	2012-Atual. NAP LabCosmos Descrição: Nucleo de Estudos do Cosmos da Universidade de São Paulo. Coordenado pela profa. Dra. Claudia Lucia Mendes de Oliveira (IAG/USP). Parte do projeto está relacionada à análise de imagens multiespectrais, a serem obtidas por um moderno telescópio em construção. Para tanto será necessário o desenvolvimento de técnicas de tratamento e análise de imagens multidimensionais.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Nina Sumiko Tomita Hirata - Integrante / Claudia Lucia Mendes de Oliveira - Coordenador. Membro: Nina Sumiko Tomita Hirata.
4.	2012-Atual. NAP-USP eScience Descrição: Modern science is interdisciplinary and data-intensive. For instance, in the 1000 Genomes Project (www.1000genomes.org), the comparative study of 629 individuals has already generated 7.3 TB of data. Analogous situations exist in fields such as astronomy, agriculture, social sciences, etc. Ten years ago, the problem was how to obtain data. Today, the bottleneck is the need for new computational strategies and tools so that scientists can manage these massive volumes of heterogeneous, distributed, data, so that they can generate new knowledge from the processing, analysis and visualization of the data. This launched the basis of the so-called eScience: the combination of advanced research in computer science and mathematical modeling to allow and accelerate research in other knowledge domains. National programs in eScience have been created in the US, GB, Australia and other countries, that recognized the importance of this theme for the advancement of science. The main goal of this project is the design and construction of a collaborative network for research in eScience, in a partnership that involves computer science, mathematical modeling and specific domains in the exact, life, agricultural sciences and social sciences.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Jesús Pascual Mena Chalco - Integrante / CESAR JUNIOR, R. M. - Coordenador. Financiador(es): Universidade de São Paulo - Auxílio financeiro. Membro: Jesús Pascual Mena Chalco. Descrição: Modern science is interdisciplinary and data-intensive. For instance, in the 1000 Genomes Project (www.1000genomes.org), the comparative study of 629 individuals has already generated 7.3 TB of data. Analogous situations exist in fields such as astronomy, agriculture, social sciences, etc. Ten years ago, the problem was how to obtain data. Today, the bottleneck is the need for new computational strategies and tools so that scientists can manage these massive volumes of heterogeneous, distributed, data, so that they can generate new knowledge from the processing, analysis and visualization of the data. This launched the basis of the so-called eScience: the combination of advanced research in computer science and mathematical modeling to allow and accelerate research in other knowledge domains. National programs in eScience have been created in the US, GB, Australia and other countries, that recognized the importance of this theme for the advancement of science. The main goal of this project is the design and construction of a collaborative network for research in eScience, in a partnership that involves computer science, mathematical modeling and specific domains in the exact, life, agricultural sciences and social sciences.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Roberto Marcondes Cesar Junior - Coordenador. Financiador(es): Universidade de São Paulo - Auxílio financeiro. Membro: Roberto Marcondes Cesar Junior.
5.	2012-Atual. Núcleo e-Science de Apoio a Pesquisa da Universidade de São Paulo Descrição: Projeto financiado pela Pró-Reitoria de Pesquisa da Universidade de Sáo Paulo. vigência 30/06/2012 a 30/05/2016. Coordenador Geral: Roberto Marcondes Cesar Jr.. Coordenador da área de Banco de Dados: João Eduardo Ferreira. . Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (1) Doutorado: (1) . Integrantes: João Eduardo Ferreira - Integrante / Marcelo Camacho Souza - Integrante / Roberto Marcondes Cesar Junior - Coordenador / Mina Cintho - Integrante / João Marcelo Borovina Josko - Integrante. Financiador(es): Universidade de São Paulo - Auxílio financeiro. Membro: João Eduardo Ferreira.
6.	2012-Atual. Sao Paulo- Minas Gerais Neglected Tropical Disease Research Center for Biomarker Discovery Descrição: Chagas disease remains one of the most neglected diseases in the world, with recent estimates indicating 8-10 million infected people in Latin and Central America and only one marginally effective therapeutic. The lack of good biomarkers for active infection or clinical end-points poses a problem both for individual patient prognosis and for assessing the performance of new drugs or therapeutic interventions. In this project the main computer challenge is the development of database system in order to integrate data clinical and data tests from patients.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (1) Doutorado: (1) . Integrantes: João Eduardo Ferreira - Integrante / Ester C. Sabino - Coordenador / Osvaldo Kotaro Takai - Integrante / Helves Domingues - Integrante / Leonardo Tadashi Kamaura - Integrante. Financiador(es): National Institure of Health- USA - Auxílio financeiro. Membro: João Eduardo Ferreira.
7.	2012-Atual. Sequenciamento de alto rendimento de RNA (RNA Seq) em Coffea arabica para formação de rede gênicas e identificação de polimorfismos Descrição: Visando tanto propiciar ferramentas que realizem a integração da biologia molecular com aplicações no melhoramento vegetal por meio de marcadores moleculares como buscar um entendimento maior da interação de genes durante a maturação de frutos, este trabalho busca a identificação SNPs em genótipos de população de C. arabica proveniente do centro de origem da espécie e a caracterização de redes gênicas durante o processo de desenvolvimento e maturação de frutos de café. Será feito o sequenciamento de bibliotecas de cDNA de frutos de quatro genótipos do centro de origem de C. arabica através da tecnologia Illumina HiSeq. Em um dos genótipos também será realizada a analise transcriptômica temporal a cada 60dias do desenvolvimento do fruto. As sequências serão comparadas com banco de dados de transcriptoma pré-existentes de Coffea spp. para busca de SNPs e para os trabalhos de Inferência de Redes Gênicas. Os resultados deste trabalho, além de representar um avanço significativo no conhecimento genético e molecular do desenvolvimento de frutos de C. arabica, e propiciar um grande número de SNPs para genotipagem, irá integrar os grupos de pesquisa, do Laboratório de Biotecnologia Vegetal do IAPAR e da Engenharia de Computação da UTFPR, visando a formação de recursos humanos em bioinformática, aumentando a competência do estado nessa área estratégica. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Especialização: (1) / Mestrado acadêmico: (1) / Doutorado: (2) . Integrantes: Fabrício Martins Lopes - Integrante / Fábio Fernandes da Rocha Vicente - Integrante / Bruno Hideki Arabori - Integrante / Douglas Silva Domingues - Integrante / Luiz Filipe Protasio Pereira - Coordenador / Alexandre Rossi Paschoal - Integrante / Andre Yoshiaki Kashiwabara - Integrante. Financiador(es): Fundação Araucária de Apoio ao Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro. Número de produções C, T A: 1 Membro: Fabrício Martins Lopes.
8.	2012-Atual. Transactional Model and Performance Analysis for Business Processes and e-Science Applications Descrição: Os principais objetivos desse projeto são: (i) gerar novas contribuições à área de processamento de transações longas, por meio da criação de um novo arcabouço teórico e computacional para amparar processos transacionais (como os workflows); (ii) desenvolver novos métodos e ferramentas para a análise de desempenho preditiva de processos de workflows computacionalmente intensivos em dados ou tarefas, como é o caso das aplicações de e-Science e dos processos de negócio de grande escala. Esses objetivos estão relacionados ao desafio de se garantir para os sistemas de workflow: flexibilidade e correção (sob a perspectiva de modelagem); confiabilidade, disponibilidade e eficiência (sob a perspectiva de execução).. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Kelly Rosa Braghetto - Integrante / João Eduardo Ferreira - Coordenador / Luciano Vieira Araújo - Integrante / Márcio Oikawa - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Membro: Kelly Rosa Braghetto. Descrição: In modern science and business process studies the main challenge is not anymore in data acquisition but mainly in data processing, analysis, storage and transfer. To treat these challenges, work ow and business process systems have received increased attention from research and industry communities. Despite of the signi cant eorts and software tools developed, the work ows and business processes still oer a scenario with several research challenges, mainly related to the scalability and reliability of their execution in the new collaborative and high-performance computing platforms. In this pro ject, we are focusing in two important issues (called axes) belonging to this scenario: transaction processing and prediction of performance related to dierent phases of the work ow life cycle. The rst axis is related to transaction processing aiming to grant a exible and reliable environment for the modeling and execution of work ows. The second research axis is related to prediction of performance of work ows by means of formal modeling, in order to support a better provisioning of resources and a better scheduling of tasks in such type of applications. To validate the results obtained in these two research axes, we will use two real-world case studies that are important examples of both work ows and e-Science applications. In addition to the academic results provided in this project, we also hope to increase the research capability of the DATA group through two important research axes and also the validation of academic results based on two important case studies.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (2) Doutorado: (2) . Integrantes: João Eduardo Ferreira - Coordenador / Luciano V Araújo - Integrante / Marcio Katsumi Oikawa - Integrante / Osvaldo Kotaro Takai - Integrante / Kelly Rosa Braghetto - Integrante / Pedro Paulo de Souza Bento da Silva - Integrante / André Luis schwerz - Integrante / Marcela Ortega Garcia - Integrante / Rafael Liberato - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Membro: João Eduardo Ferreira.
9.	2012-Atual. Um método computacional para a análise de alterações microvasculares e teciduais de órgãos na sepse usando a técnica de imagens Sidestream Dark Field (SDF) Descrição: Novos métodos diagnósticos e terapêuticos no suporte do paciente séptico pouco vem modificando o cenário da evolução com elevado índice de mortalidade. O comprometimento progressivo da microcirculação, relacionado com o aumento da intensidade da resposta inflamatória sistêmica na sepse, tem sido considerado o "motor" da gênese da Síndrome de Disfunção de Múltiplos Órgãos que frequentemente evolui para o óbito. No entanto, apesar da reconhecida importância da disfunção microcirculatória, ainda carece de método de análise capaz de correlacionar a gravidade da sepse com o grau de comprometimento da microhemodinâmica capturada pelo microscópio portátil Sidestream Dark Field Imaging (SDF). A classificação da gravidade da sepse por meio da análise da disfunção microcirculatória seria de grande contribuição no diagnóstico da gravidade e na conduta terapêutica. Neste contexto, este projeto tem como objetivo desenvolver uma metodologia computacional para a determinação do grau de comprometimento microvascular e tecidual na sepse. Métodos: As imagens da microcirculação de órgãos abdominais foram capturadas com SDF após a indução da sepse com letalidades conhecidas mediante a inoculação IV de 3 de E.coli em ratos Wistar-EPM, 250 a 300 gramas. As imagens coletadas in vivo serão submetidas à análise com variados métodos computacionais que possam mensurar o grau de comprometimento da microhemodinâmica em fases distintas de gravidade da sepse. Após a escolha do método de análise, a sua validação será realizada comparando-se com a análise histológica dos respectivos órgãos de onde foram geradas as imagens in vivo. Ao final do projeto espera-se produzir um meio de diagnóstico rápido, em tempo real, contribuindo como um método de monitoramento da sepse.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Doutorado: (2) . Integrantes: Marcel Parolin Jackowski - Coordenador / Jihan Zoghbi - Integrante / IVAN HONG JUN KOH - Integrante. Membro: Marcel Parolin Jackowski.

2011

1.	2011-2013. Análise e síntese de faces e expressões faciais em 3D Descrição: O projeto prevê o desenvolvimento de métodos e aplicações de Computação Gráfica, Visão Computacional e Reconhecimento de Padrões para a análise (estudo/caracterização) e síntese (geração/criação) de faces e expressões faciais em 3D. Neste projeto serão estudados o problemas de análise e síntese de faces 3D considerando tanto um banco de dados de faces 3D reais, quanto modelos de faces sintéticos. O principal foco do projeto reside no desenvolvimento de técnicas para a reconstrução e caricaturização facial 3D a partir de amostras de treinamento de faces reais.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Jesús Pascual Mena Chalco - Coordenador / CESAR JUNIOR, R. M. - Integrante / VELHO, L. - Integrante. Número de produções C, T A: 7 / Número de orientações: 1 Membro: Jesús Pascual Mena Chalco.
2.	2011-2013. Desafios em Projeto Multinível de Operadores Morfológicos Descrição: Projetar operadores morfológicos que apresentam bom desempenho em problemas de processamento e análise de imagens não é, em geral, uma tarefa simples. Uma abordagem útil para auxiliar o projeto de operadores é sua formulação como um problema de aprendizagem computacional: pares de imagens entrada-saída são utilizados como amostras de treinamento para gerar, via técnicas de aprendizagem computacional, um operador que procura mapear as imagens de entrada para as respectivas imagens de saída. No contexto considerado, esses operadores são caracterizados por uma função local que depende de uma vizinhança na imagem em torno do ponto a ser processado. Vizinhanças muito pequenas restringem a classe de operadores, gerando erro de restrição, e vizinhanças muito grandes resultam em imprecisão, gerando muita variância. Uma abordagem promissora recentemente proposta para balancear esses dois tipos de erro no caso de operadores binários é o projeto multinível de operadores. Nessa abordagem, o treinamento é realizado em múltiplos níveis, de forma a combinar em cada nível os resultados dos níveis anteriores. A escolha dos parâmetros dessa abordagem multinível tem sido realizada, por enquanto, manualmente. Este projeto de pesquisa pretende investigar aspectos práticos e teóricos dessa abordagem; em particular, pretende automatizar a escolha de parâmetros e estender a abordagem multinível para operadores sobre imagens em tons e cinza.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Doutorado: (1) . Integrantes: Roberto Hirata Junior - Integrante / Nina Sumiko Tomita Hirata - Coordenador. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Membro: Roberto Hirata Junior. Descrição: Projetar operadores morfológicos que apresentam bom desempenho em problemas de processamento e análise de imagens não é, em geral, uma tarefa simples. Uma abordagem útil para auxiliar o projeto de operadores é sua formulação como um problema de aprendizagem computacional: pares de imagens entrada-saída são utilizados como amostras de treinamento para gerar, via técnicas de aprendizagem computacional, um operador que procura mapear as imagens de entrada para as respectivas imagens de saída. No contexto considerado, esses operadores são caracterizados por uma função local que depende de uma vizinhança na imagem em torno do ponto a ser processado. Vizinhanças muito pequenas restringem a classe de operadores, gerando erro de restrição, e vizinhanças muito grandes resultam em imprecisão, gerando muita variância. Uma abordagem promissora recentemente proposta para balancear esses dois tipos de erro no caso de operadores binários é o projeto multinível de operadores. Nessa abordagem, o treinamento é realizado em múltiplos níveis, de forma a combinar em cada nível os resultados dos níveis anteriores. A escolha dos parâmetros dessa abordagem multinível tem sido realizada, por enquanto, manualmente. Este projeto de pesquisa pretende investigar aspectos práticos e teóricos dessa abordagem; em particular, pretende automatizar a escolha de parâmetros e estender a abordagem multinível para operadores sobre imagens em tons e cinza.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Nina Sumiko Tomita Hirata - Coordenador / Roberto Hirata Jr. - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Membro: Nina Sumiko Tomita Hirata.
3.	2011-Atual. Integração de dados biológicos na inferência de GRNs Descrição: Um problema importante na pesquisa em bioinformática é a inferência de redes de regulação gênica (GRNs) a partir de seus perfis de expressão. Em geral, as principais limitações encontradas estão relacionadas ao pequeno número de amostras disponíveis com alta dimensionalidade e ao ruído intrínseco das medidas de expressão. Em face a essas limitações, se torna evidente a necessidade do desenvolvimento de métodos alternativos para recuperar as redes gênicas de forma mais adequada e com mais precisão. Nesse contexto, este projeto de pesquisa aborda essa questão propondo a integração de dados biológicos provenientes de diversas naturezas. Mais especificamente, é proposto neste projeto a formalização e desenvolvimento de metodologias para integração dessa variedade de dados biológicos disponíveis e a utilização desses dados integrados para a inferência de GRNs. A primeira etapa concentra-se na integração de informações de anotação gênica, proteoma, metaboloma, transcriptoma, estrutura e dinâmica das redes, dentre outras informações biológicas conhecidas. Em seguida, com base nas informações biológicas, desenvolver um modelo matemático para geração de um vetor de características que represente a sumarização desses dados. Outra fonte de informação a ser considerada é a estrurura topológica das redes biológicas conhecidas, as quais a princípio serão caracterizadas utilizando-se as medidas vindas da teoria de redes complexas.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Fabrício Martins Lopes - Integrante / David Corrêa Martins Jr - Integrante / Roberto Marcondes Cesar Jr - Integrante / Ronaldo Fumio Hashimoto - Coordenador / Helena Paula Brentani - Integrante / Marie-Anne Van Sluys - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Número de produções C, T A: 16 / Número de orientações: 3 Membro: Fabrício Martins Lopes.
4.	2011-2013. Integração de dados na biologia sistêmica: caracterização de fenômenos biológicos a partir de informações estruturais e funcionais Descrição: Um problema importante na pesquisa em bioinformática é a inferência de redes de regulação gênica (GRNs) a partir de seus per fis de expressão. Em geral, as principais limitações encontradas estão relacionadas ao pequeno número de amostras disponíveis com alta dimensionalidade e ao ruído intrínseco das medidas de expressão. Em face a essas limitações, se torna evidente a necessidade do desenvolvimento de métodos alternativos para recuperar as redes gênicas de forma mais adequada e com mais precisão. Nesse contexto, este projeto de pesquisa aborda essa questão propondo a integraçãao de dados biológicos provenientes de diversas naturezas. Mais especi camente, é proposto neste projeto a formalização e desenvolvimento de metodologias para integração dessa variedade de dados biológicos disponíveis e a utilização desses dados integrados para a inferência de GRNs. A primeira etapa concentra-se na integração de informações de anotação gênica, proteoma, metaboloma, transcriptoma, estrutura e dinâmica das redes, dentre outras informações biológicas conhecidas. Em seguida, com base nas informações biológicas, desenvolver um modelo matemático para geração de um vetor de características que represente a sumarização desses dados. Outra fonte de informação a ser considerada é a estrurura topológica das redes biológicas conhecidas, as quais a princípio serão caracterizadas utilizando-se as medidas vindas da teoria de redes complexas. O escopo deste projeto está diretamente relacionado com um dos cinco grandes desa fios identificados pela Sociedade Brasileira de Computação: Modelagem Computacional de Sistemas Complexos.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: David Corrêa Martins Junior - Integrante / Roberto Marcondes Cesar Jr - Integrante / Helena Brentani - Integrante / Ronaldo Fumio Hashimoto - Coordenador / Marie-Anne Van Sluys - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro / Microsoft Research - Auxílio financeiro. Membro: David Corrêa Martins Junior. Descrição: The purpose of this project is to develop a modeling that allows: a) analysis of gene expressions and GRNs inference; b) generation of techniques for integration of biological data with the intention of characterization and identification of the biological process; c) integration between the functional analysis and structural analysis. In this sense, it is expected in this project the development of a software environment for the integration of several biological data sources in different levels, allowing to investigate the relationship between biological network structure and its biological function.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (2) Doutorado: (1) . Integrantes: Ronaldo Fumio Hashimoto - Coordenador / Roberto Marcondes Cesar Junior - Integrante / David C Martins - Integrante / Helena P. Brentani Samaia - Integrante / Fabrício Martins Lopes - Integrante / Marie-Anne Van Sluys - Integrante / Sérgio Nery Simões - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Número de produções C, T A: 1 Membro: Ronaldo Fumio Hashimoto.
5.	2011-Atual. Investigação da alternância entre contextos como novo paradigma de interação baseada no olhar Descrição: Interfaces baseadas no olhar utilizam rastreadores de olhar (\textit{Eye Gaze Trackers}) como dispositivo de entrada. Tais dispositivos informam ao computador a posição sobre o monitor observada pelo usuário a cada instante. Ao associar o cursor à posição do olhar, o apontamento de objetos da interface pode ser feito de forma bastante natural, porém a seleção dos objetos (``clicar'' com o olhar) continua um problema que ainda não foi resolvido satisfatoriamente. Dentre os métodos sugeridos podemos citar o piscar do olho, gestos do olhar e tempo de latência (ou \textit{dwell time}). Essa última alternativa, talvez devido a sua simplicidade, é a mais utilizada até o momento. A ideia é que o usuário precisa manter o olhar fixo sobre um objeto (por um período de latência), para selecioná-lo. Apesar de simples, utilizando um tempo de latência muito curto temos o problema conhecido como ``toque de Midas'', onde todo o objeto observado pelo usuário é ativado. Caso o tempo seja longo, a interação se torna lenta. Este projeto propõe a investigação da alternância entre contextos como novo paradigma de ativação em interfaces baseadas no olhar \cite{Morimoto:10}. Tal paradigma, proposto recentemente por nosso grupo, oferece maior conforto (pois elimina o problema do toque de Midas) e velocidade (pois associa a seleção a um movimento rápido do olhar). Como resultado dessa pesquisa, serão criados aplicativos computacionais controlados pelo olhar mais eficientes e genéricos que os atuais. Essa tecnologia deve facilitar a comunicação de pessoas portadoras de deficiências físicas, permitindo-lhes uma maior integração social, e todos os aplicativos serão disponibilizados como software livre. . Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Doutorado: (2) . Integrantes: Carlos Hitoshi Morimoto - Coordenador. Membro: Carlos Hitoshi Morimoto.
6.	2011-Atual. Métodos e técnicas para exploração e análise de bioimagens Descrição: A demanda pela análise de imagens oriundas das mais variadas subáreas biomédicas e biológicas tem nitidamente crescido nos últimos anos. Além dos desafios computacionais diretamente relacionados à natureza da análise em questão, tais como a complexidade das imagens e o grande volume e tipos de problemas, verificam-se desafios relacionados à multidisciplinaridade e à necessidade de melhor integração de resultados gerados no tratamento de diferentes problemas. Este projeto de pesquisa propõe a investigação, desenvolvimento e validação de métodos e técnicas inovadoras para exploração e análise de bioimagens. Para viabilizar essa investigação, diversos subprojetos, todos relacionados a algum problema de análise de bioimagens e que envolvem colaborações com pesquisadores das áreas biológicas e biomédicas, são contemplados nesta proposta. Adicionalmente, está previsto o desenvolvimento de um ambiente unificado para exploração e análise de imagens, que terá papel importante para (i) operacionalizar e viabilizar o desenvolvimento dos métodos e técnicas, (ii) melhorar as interações em colaborações multidisciplinares/multi-institucionais e (iii) permitir o reaproveitamento de resultados. Com isso, esta proposta visa contribuir para a formação de competência nacional em análise de bioimagens.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Fabrício Martins Lopes - Integrante / Roberto Marcondes Cesar Jr - Integrante / Ronaldo Fumio Hashimoto - Integrante / Nina S. T. Hirata - Coordenador / Roberto Hirata Jr - Integrante / Marcel P. Jackowski - Integrante / Anderson Brilhador - Integrante. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro. Número de produções C, T A: 1 / Número de orientações: 4 Membro: Fabrício Martins Lopes. Descrição: A demanda pela análise de imagens oriundas das mais variadas subáreas biomédicas e biológicas tem nitidamente crescido nos últimos anos. Além dos desafios computacionais diretamente relacionados à natureza da análise em questão, tais como a complexidade das imagens e o grande volume e tipos de problemas, verificam-se desafios relacionados à multidisciplinaridade e à necessidade de melhor integração de resultados gerados no tratamento de diferentes problemas. Este projeto de pesquisa propõe a investigação, desenvolvimento e validação de métodos e técnicas inovadoras para exploração e análise de bioimagens. Para viabilizar essa investigação, diversos subprojetos, todos relacionados a algum problema de análise de bioimagens e que envolvem colaborações com pesquisadores das áreas biológicas, são contemplados nesta proposta. Adicionalmente, está previsto o desenvolvimento de um ambiente unificado para exploração e análise de imagens, que terá papel importante para operacionalizar e viabilizar o desenvolvimento dos métodos e técnicas, melhorar as interações em colaborações multidisciplinares e permitir reaproveitamento de resultados. Com isso, esta proposta visa contribuir para formação de competência nacional em análise de bioimagens.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (3) Doutorado: (2) . Integrantes: Roberto Hirata Junior - Integrante / Nina Sumiko Tomita Hirata - Coordenador / Ronaldo Fumio Hashimoto - Integrante / Roberto Marcondes César Junior - Integrante / Marcel Parolin Jackowski - Integrante / Fabrício Martins Lopes - Integrante. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro. Membro: Roberto Hirata Junior. Descrição: A demanda pela análise de imagens oriundas das mais variadas subáreas biomédicas e biológicas tem nitidamente crescido nos últimos anos. Além dos desafios computacionais diretamente relacionados à natureza da análise em questão, tais como a complexidade das imagens e o grande volume e tipos de problemas, verificam-se desafios relacionados à multidisciplinaridade e à necessidade de melhor integração de resultados gerados no tratamento de diferentes problemas. Este projeto de pesquisa propõe a investigação, desenvolvimento e validação de métodos e técnicas inovadoras para exploração e análise de bioimagens. Para viabilizar essa investigação, diversos subprojetos, todos relacionados a algum problema de análise de bioimagens e que envolvem colaborações com pesquisadores das áreas biológicas, são contemplados nesta proposta. Adicionalmente, está previsto o desenvolvimento de um ambiente unificado para exploração e análise de imagens, que terá papel importante para operacionalizar e viabilizar o desenvolvimento dos métodos e técnicas, melhorar as interações em colaborações multidisciplinares e permitir reaproveitamento de resultados. Com isso, esta proposta visa contribuir para formação de competência nacional em análise de bioimagens.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (0) / Mestrado acadêmico: (3) / Doutorado: (2) . Integrantes: Nina Sumiko Tomita Hirata - Coordenador / Roberto Hirata Jr. - Integrante / Roberto Marcondes Cesar Junior - Integrante / Ronaldo Fumio Hashimoto - Integrante / Marcel Parolin Jackowski - Integrante / Fabrício Martins Lopes - Integrante. Membro: Nina Sumiko Tomita Hirata.
7.	2011-2013. Representação Supertoroidal do Tensor de Difusão: Análise da Substância Branca Cerebral no Transtorno Bipolar Descrição: A substância branca (SB) tem importância fundamental na compreensão das funções ce- rebrais tendo em vista a rede de comunicação neural que ela estabelece. Sabe-se que os transtornos psiquiátricos, incluindo o transtorno afetivo bipolar (TAB), estão associados a anormalidades sutis de SB que demandam métodos robustos e eficientes de análise. A imagem por tensor de difusão (DTI) é uma modalidade promissora de imagens capaz de caracterizar alterações estruturais em SB. No entanto, a sua natureza multidimensional e multivariada faz com que o estudo neuropatológico em TAB torne-se uma tarefa desafia- dora. Assim, faz-se necessário o uso de métodos de análise de DTI que sejam robustos e apropriados para entendermos o papel destas anormalidades. Este projeto visa o desen- volvimento e a avaliação de uma nova metodologia de análise utilizando a representação supertoroidal do tensor de difusão. O objetivo desta representação é aprimorar a caracte- rização da SB de forma visual e quantitativa através de novos índices de difusividade e anisotropia. Experimentos utilizando phantoms revelaram que estes índices são sensíveis à mudanças estruturais e que podem descrever alterações no cérebro. Resultados prelimi- nares utilizando DTI de um cérebro humano normal mostraram que tratos de SB podem ser identificados sem ambiguidades pelo modelo supertoroidal. Para avaliar a eficácia desta nova metodologia, imagens DTI de pacientes com transtorno bipolar e de indiví- duos saudáveis serão analisadas e comparadas estatisticamente. Desta forma, esperamos que esta abordagem possa avançar o conhecimento da neurofisiologia do TAB e trazer informações inéditas para a caracterização da SB em ou. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (4) Doutorado: (1) . Integrantes: Marcel Parolin Jackowski - Coordenador / Mekkaoui, Choukri - Integrante / Sheila Caetano - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Membro: Marcel Parolin Jackowski.
8.	2011-2013. Simulação de Sistemas Biológicos Utilizando GPUs Descrição: A área de biologia de sistemas é um campo de pesquisa interdisciplinar que foca no estudo sistêmico de interações complexas verificadas em organismos vivos. Um dos principais objetivos das pesquisas nessa área é descobrir propriedades novas que podem surgir da visão sistêmica para um melhor entendimento dos processos que ocorrem em sistemas biológicos. Em particular, este projeto foca em três aspectos importantes em biologia de sistemas: i) a investigação das interações entre neurônios em redes neuronais de grande escala; ii) o estudo e desenvolvimento de métodos de inferência de redes de regulação gênica e iii) o estudo e desenvolvimento de métodos de análise do comportamento dinâmico de redes de regulação gênica. O estudo de tais aspectos normalmente envolve um poder computacional significativo devido ao elevado número de elementos interagentes nesses sistemas. Para amenizar esse problema, uma possibilidade é o emprego de aglomerados de processadores gráficos (do inglês: Graphics processing unit - GPU). As GPUs geralmente são bastante eficientes em aplicações que envolvem exaustivas operações de ponto flutuante. A idéia central deste projeto é a obtenção e desenvolvimento de conhecimento e técnicas que permitam a exploração do poder computacional das GPUs para fins de desenvolvimento de soluções relativamente baratas e eficientes para problemas críticos colocados no contexto dos três aspectos mencionados acima. O escopo deste projeto está diretamente relacionado com dois dos cinco grandes desa fios identificados pela Sociedade Brasileira de Computação: Modelagem Computacional de Sistemas Complexos e Impactos para a Área de Computação da Transição do Silício para Novas Tecnologias. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: David Corrêa Martins Junior - Coordenador / Luiz Carlos da Silva Rozante - Integrante / Raphael Yokoingawa de Camargo - Integrante / Siang Wun Song - Integrante. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro. Membro: David Corrêa Martins Junior.
9.	2011-Atual. Temático-Pronex: Modelos e métodos de e-Science para ciências da vida e agrárias Descrição: A ciência moderna é crescentemente interdisciplinar e intensiva em dados. Na área de ciências da vida, por exemplo, com o surgimento de plataformas de alto desempenho para análise de imagens e estudos genômicos, o gargalo não está mais na aquisição de dados, mas sim no seu armazenamento, processamento, análise e visualização. Este cenário levou ao surgimento de um novo campo de pesquisa - eScience - que combina pesquisa avançada em computação e em modelagem matemática para permitir e acelerar pesquisa em outros domínios do conhecimento, desde as ciências exatas até as humanidades e artes. A eScience envolve a chamada "computação centrada em dados" (data-intensive computing), com a busca de soluções para gerenciamento de grandes volumes de dados produzidos por (e para) experimentos científicos, para que a descoberta científica não venha a ser detida pelo "dilúvio de dados". Este projeto visa a criação de uma rede colaborativa de eScience para acelerar pesquisa avançada em ciências da vida (biologia, medicina, oceanografia) e ciências agrárias. Está estruturado em tomo de cinco linhas de pesquisa - biologia de sistemas, planejamento de safras, computação visual, modelagem matemática e bancos de dados. Dentro dessas linhas, serão tratadas questões em aberto associadas às principais componentes de um ambiente de pesquisa em eScience: armazenamento, processamento, análise e visualização de grandes volumes de dados científicos. Os pesquisadores principais têm histórico de cooperação e coordenação de projetos nessas linhas. Questões de interoperalidade permeiam todo o projeto.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Ronaldo Fumio Hashimoto - Integrante / Roberto Marcondes Cesar Junior - Coordenador. Membro: Ronaldo Fumio Hashimoto. Descrição: A ciência moderna é crescentemente interdisciplinar e intensiva em dados. Na área de ciências da vida, por exemplo, com o surgimento de plataformas de alto desempenho para análise de imagens e estudos genômicos, o gargalo não está mais na aquisição de dados, mas sim no seu armazenamento, processamento, análise e visualização. Este cenário levou ao surgimento de um novo campo de pesquisa - eScience - que combina pesquisa avançada em computação e em modelagem matemática para permitir e acelerar pesquisa em outros domínios do conhecimento, desde as ciências exatas até as humanidades e artes. A eScience envolve a chamada "computação centrada em dados" (data-intensive computing), com a busca de soluções para gerenciamento de grandes volumes de dados produzidos por (e para) experimentos científicos, para que a descoberta científica não venha a ser detida pelo "dilúvio de dados". Este projeto visa a criação de uma rede colaborativa de eScience para acelerar pesquisa avançada em ciências da vida (biologia, medicina, oceanografia) e ciências agrárias. Está estruturado em tomo de cinco linhas de pesquisa - biologia de sistemas, planejamento de safras, computação visual, modelagem matemática e bancos de dados. Dentro dessas linhas, serão tratadas questões em aberto associadas às principais componentes de um ambiente de pesquisa em eScience: armazenamento, processamento, análise e visualização de grandes volumes de dados científicos. Os pesquisadores principais têm histórico de cooperação e coordenação de projetos nessas linhas. Questões de interoperalidade permeiam todo o projeto.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Roberto Marcondes Cesar Junior - Coordenador. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Membro: Roberto Marcondes Cesar Junior. Descrição: A ciência moderna é crescentemente interdisciplinar e intensiva em dados. Na área de ciências da vida, por exemplo, com o surgimento de plataformas de alto desempenho para análise de imagens e estudos genômicos, o gargalo não está mais na aquisição de dados mas sim no seu armazenamento, processamento, análise e visualização. Este cenário levou ao surgimento de um novo campo de pesquisa eScience que combina pesquisa avançada em computação e em modelagem matemática para permitir e acelerar pesquisa em outros domínios do conhecimento, desde as ciências exatas até as humanidades e artes. A eScience envolve a chamada "computação centrada em dados" (data-intensive computing), com a busca de soluções para gerenciamento de grandes volumes de dados produzidos por (e para) experimentos científicos, para que a descoberta científica não venha a ser detida pelo dilúvio de dados . Este projeto visa a criação de uma rede colaborativa de eScience para acelerar pesquisa avançada em ciências da vida (biologia, medicina, oceanografia) e ciências agrárias. Está estruturado em torno de cinco linhas de pesquisa biologia de sistemas, planejamento de safras, computação visual, modelagem matemática e bancos de dados. Dentro dessas linhas, serão tratadasquestões em aberto associadas às principais componentes de um ambiente de pesquisa em eScience: armazenamento, processamento, análise e visualização de grandes volumes de dados científicos. Os pesquisadores principais têm histórico de cooperação e coordenação de projetos nessas linhas. Questões de interoperabilidade permeiam todo o projeto. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Roberto Hirata Junior - Integrante / Junior Barrera - Integrante / Roberto Marcondes César Junior - Coordenador / Alexandre Xavier Falcão - Integrante / Luciano da Fontoura Costa - Integrante / Cláudia Maria Bauzer Medeiros - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Membro: Roberto Hirata Junior.

2010

2010-Atual. Criação e análise de indicadores de dados clínicos e moleculares de pacientes HIV para gestão e tomada de decisão do PN-DST-AIDS
Descrição: Desenvolvimento de ferramentas computacionais para criação e análise de indicadores dos dados clínicos e moleculares de pacientes HIV para gestão e tomada de decisão do Departamento de DST, Aids e Hepatites Virais, bem como a Implementação do Teste de Genotipagem para detecção de mutações que geram resistência ao Inibidor de Entrada Enfuvirtida em pacientes submetidos ao HAART, mas sem tratamento prévio com esta classe de drogas.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (2) / Mestrado acadêmico: (1) . Integrantes: João Eduardo Ferreira - Coordenador / Luciano V Araújo - Integrante / Ester C. Sabino - Integrante / Leonardo Tadashi Kamaura - Integrante. Financiador(es): Ministéria da Saúde - Programa Nacional Doenças Sexualmente Transmissíveis - Cooperação.
Membro: João Eduardo Ferreira.

2010-Atual. DISCRIMINAÇÃO DIAGNÓSTICA E AVALIAÇÃO LONGITUDINAL DE ALTERAÇÕES CEREBRAIS, IMUNOLÓGICAS E MOLECULARES ESTADO-DEPENDENTES EM INDIVÍDUOS COM PRIMEIRO EPISÓDIO PSICÓTICO
Descrição: O presente projeto propõe-se a estudar pacientes com primeiro episódio psicótico e de mania (transtorno bipolar tipo I) provenientes de uma região circunscrita da cidade de São Paulo combinando parâmetros de neuroimagem, medidas de atividade inflamatória (dosagem de citocinas e expressão genética) e biologia molecular (determinação de atividade de enzima fosfolipase A2) através de um desenho longitudinal, intra-sujeito. Seus objetivos compreendem: avaliar a capacidade de discriminação diagnóstica entre pacientes apresentando seu primeiro episódio psicótico, primeiro episódio de mania e controles saudáveis utilizando métodos de classificação de padrões morfológicos complexos; confirmar a existência de alterações morfométricas, de anisotropia e difusividade cerebrais estado-dependentes na esquizofrenia e transtorno bipolar, a fim de investigar a hipótese de que os estados psicóticos e maníacos agudos estariam associados a alterações cerebrais volumétricas e microestruturais agudas, e ponderar a influência destes estados na acurácia do classificador por ressoância magnética; avaliar a atividade inflamatória sistêmica dos pacientes em relação aos controles na fase aguda e após 2 meses de remissão através de medidas de citocinas e expressão de genes relacionados às respostas imunes Th1, Th2 e Th17; e dosar a atividades das enzima PLA2 responsável pela metabolização de fosfolipídeos de membrana celular, nos pacientes em comparação aos controles na fase aguda e após 2 meses de remissão. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Marcel Parolin Jackowski - Integrante / ZANETTI, M. V. - Integrante / BUSATTO, G. F. - Coordenador / Paulo Rossi Menezes - Integrante / Marcia Scafzufca - Integrante / Wagner Gattaz - Integrante / Luiza Guilherme Guglielmi - Integrante / Leda Leme Talib - Integrante / Simone Regina dos Santos - Integrante / Christos Dvatzikos - Integrante.
Membro: Marcel Parolin Jackowski.

2008

1.	2008-2013. CinAPCe: Centro Multimodal de Neuroimagens para estudos em Epilepsia Descrição: Este projeto visa a criação de uma rede de pesquisa multidisciplinar para adquirir tecnologia de ponta e estudar a dinâmica cerebral associada a epilepsias e outras doenças degenerativas. O projeto envolve pesquisadores de várias instituições do Estado de São Paulo. Eu listo alguns dos pesquisadores principais. Minha colaboração está em técnicas de segmentação de imagens médicas, visando a análise de assimetrias cerebrais, as quais possam ser exploradas no estudo, detecção e tratamento de várias doenças neurológicas.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Paulo André Vechiatto de Miranda - Integrante / Alexandre Xavier Falcão - Integrante / Bergo, Felipe P. G. - Integrante / Favretto, F. - Integrante / CAPPABIANCO, Fábio - Integrante / Guilherme C. S. Ruppert - Integrante / Fernando Cendes - Coordenador / Li Min - Integrante / Roberto Covolan - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Número de produções C, T A: 10 Membro: Paulo André Vechiatto de Miranda.
2.	2008-Atual. Expressão genica em tumores do estomago e do esofago: da biologia ao diagnóstico Descrição: Os tumores da porção superior do trato digestivo (esôfago e estômago) representam um importante desafio na pesquisa sobre o câncer. A grande maioria dos pacientes é diagnosticada tardiamente e, por conseqüência, com prognóstico bastante limitado. Enquanto os adenocarcinomas de estômago representam a segunda maior cause de morte relacionada ao câncer, os adenocarcinomas do esôfago apresentam a maior taxa de crescimento percentual nos Estados Unidos e Europa, assim como nas populações de maior renda no hemisfério sul. Os adenocarcinomas do estômago e do esôfago estão freqüentemente associados a processos inflamatórios da mucosa normal. Esse processo inflamatório crônico leva à substituição da mucosa normal por um tecido colunar do tipo intestinal, denominado metaplasia intestinal do estômago e que, no esôfago, recebe a denominação de mucosa de Barrett. Essas duas patologias não devem ser consideradas doenças pré-malígnas, uma vez que a taxa de transformação em adenocarcinomas é reduzida, mas representam o fator de risco mais importante para os adenocarcinomas dos dois órgãos. Usando a metodologia de microarranjos de DNA, estudamos as características moleculares de amostras de tecido representando mucosa normal, metaplasia intestinal e adenocarcinomas desses dois órgãos. Com base nestes dados, aplicamos ferramentas matemáticas e estatísticas para identificar assinaturas moleculares capazes de classificar precisamente as amostras. Também, foi possível definir um conjunto de alterações em vias metabólicas relacionadas aos processos inflamatórios e de metabolismo de glicerolípedes que poderão contribuir para o entendimento da origem e dos processos moleculares envolvidos na transformação maligna. Neste projeto, pretendemos criar uma rede de instituições e pesquisadores com tradição de pesquisa em tumores de estomago e esôfago que permitirá acesso a um número maior de amostras com dados clínicos e epidemiológicos associados. Com essas amostras, pretendemos estabelecer uma. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (5) Doutorado: (5) . Integrantes: Roberto Hirata Junior - Integrante / Luis Fernando Reis - Coordenador / Neves, E Jordão - Integrante. Membro: Roberto Hirata Junior.
3.	2008-2013. Métodos de Aproximação para Computação Visual Descrição: O objetivo deste projeto é o desenvolvimento de algoritmos, técnicas matemáticas e ferramentas de software para problemas de computação visual (processamento de imagens, computação gráfica e visão computacional). Minha colaboração será em técnicas de segmentação de imagens e vídeos. O projeto envolve vários pesquisadores da UNICAMP. Eu cito alguns.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Paulo André Vechiatto de Miranda - Integrante / Alexandre Xavier Falcão - Integrante / Ricardo da Silva Torres - Integrante / João Paulo Papa - Integrante / T.V. Spina - Integrante / Leonardo Marques da Rocha - Integrante / Jorge Stolfi - Coordenador / Neucimar Jerônimo Leite - Integrante / Siome Goldenstein - Integrante / Giovani Chiachia - Integrante / Maíra Saboia - Integrante / Cesar Castelo Fernandez - Integrante / Jefersson Alex dos Santos - Integrante / André Tavares da Silva - Integrante. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Número de produções C, T A: 7 Membro: Paulo André Vechiatto de Miranda.
4.	2008-2012. Predição Intrinsecamente Multivariada e Redes Booleanas Probabilísticas Contextuais Descrição: As reações químicas que resultam na expressão de genes no nível molecular são complexas e ainda não são totalmente compreendidas. Um aspecto importante deste fenômeno é a interação entre os genes. Sabe-se que os genes enviam, recebem e processam informações formando uma complexa rede de comunicação. Em particular, em algumas rede de comunicação, é conhecido o fato de existirem genes mestres que têm um amplo poder de regulação sobre outros genes escravos. A existência desses genes mestres que podem restringir, ou canalizar, um sistema a certos estados biológicos particulares foi originalmente proposta por Conrad Waddington em 1942. Tais genes mestres são chamados de genes canalizadores. Como é de se esperar, a análise de um sistema complexo e altamente integrado para identificar tais genes canalizadores a partir de amostras de dados biológicos tais como microarrays é uma tarefa bastante difícil. Recentemente, em um trabalho desenvolvido a partir de observações de genes canalizadores, introduzimos o conceito de genes de predição intrinsicamente multivariada e descrevemos analiticamente suas propriedades. O modelo de genes IMP captura a idéia de canalização de um sistema biológico com respeito a genes que podem forçar ações corretivas amplas em processos celulares. Um dos objetivos deste projeto de pesquisa é fazer uma extensão deste estudo para obter características que são cruciais para produzir genes IMPs em redes de regulação gênica. Posteriormente o intuito é avançarmos a pesquisa para encontrar métodos que identifiquem redes Booleanas probabilísticas contextuais que contenham genes IMPs a partir de dados biológicos tais como microarrays.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (3) Doutorado: (1) . Integrantes: Ronaldo Fumio Hashimoto - Coordenador / Edward R Dougherty - Integrante / Michael L Bittner - Integrante / Ulisses Braga-Neto - Integrante / Roberto Marcondes Cesar Junior - Integrante. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro. Membro: Ronaldo Fumio Hashimoto.
5.	2008-2011. Processamento, Visualização e Análise de Imagens Médicas Descrição: Estudo e desenvolvimento de técnicas de processamento de imagens, com ênfase em duas aplicações: imagens de ressonância magnética do cérebro humano e imagens de microscopia óptica de parasitos intestinais. No primeiro caso, o projeto visa a análise de assimetrias cerebrais e sua relação com doenças degenerativas, tais como epilepsia, auxiliando à pesquisa em neurologia. No segundo caso, o projeto visa a automatização completa do diagnóstico de enteroparasitoses por análise de imagens. O projeto envolve a transformada imagem-floresta como metodologia principal; técnicas de otimização para registro de imagens; técnicas de rendering; e análise de padrões em imagens.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Paulo André Vechiatto de Miranda - Integrante / Alexandre Xavier Falcão - Coordenador / Felipe P.G. Bergo - Integrante / João Paulo Papa - Integrante / Favretto, F. - Integrante / CAPPABIANCO, Fábio - Integrante / Guilherme C. S. Ruppert - Integrante / T.V. Spina - Integrante / Luiz Fernando Pinto - Integrante / Leonardo Marques da Rocha - Integrante / Giovani Chiachia - Integrante / Maíra Saboia - Integrante / Cesar Castelo Fernandez - Integrante / Jefersson Alex dos Santos - Integrante / André Tavares da Silva - Integrante / Jan Carlo Ferreira Gomes - Integrante. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Bolsa / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Número de produções C, T A: 11 Membro: Paulo André Vechiatto de Miranda.
6.	2008-2010. Redes de interação gênica ``semeadas'' por cliques Descrição: No presente projeto de pesquisa pretende-se estudar subsistemas biológicos dentro de um sistema complexo usando o modelo de Redes Booleanas Probabilísticas e a abordagem de aprendizado estatístico e computacional. O número de genes a ser considerado no subsistema é pequeno de forma a viabilizar as inferências entre os genes de estudo e, simplificar os modelos matemáticos e computacionais. A importância deste trabalho é que os algoritmos desenvolvidos podem ajudar pesquisadores a encontrar genes ainda não conhecidos envolvidos em importante processos biológicos, além de fortalecer a colaboração dos grupos envolvidos (Brasil, Argentina e USA).. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Mestrado acadêmico: (1) / Doutorado: (2) . Integrantes: Roberto Hirata Junior - Coordenador / Nina Sumiko Tomita Hirata - Integrante / Ronaldo Fumio Hashimoto - Integrante / Rodrigo Assirati Dias - Integrante / Santos, Carlos S. - Integrante / Rodrigo Flores - Integrante / Carlos Higa - Integrante. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro. Membro: Roberto Hirata Junior.

2007

1.	2007-2009. Abordagens hierárquicas para classificação de dados Descrição: Classificação de dados é uma parte fundamental em diversos problemas reais. Em muitas aplicações, técnicas de treinamento são utilizadas para ajuste dos parâmetros dos classificadores a partir de amostras de dados pré-classificados. Problemas com grande número de classes requerem o ajuste de muitos parâmetros. Uma das conseqüências disto é a necessidade de grande tempo de treinamento e pouca precisão estatística nos ajustes. Uma abordagem comum para contornar essas dificuldades consiste na decomposição do problema original de classificação em subproblemas mais tratáveis, seguida de composição das soluções dos subproblemas para a obtenção de uma solução para o problema original. No entanto, na prática, as formas de decomposição e composição são realizadas experimentalmente, tornando-se também um processo demorado. Este projeto propõe o estudo e elaboração de técnicas para automatizar a escolha da forma de decomposição/composição. Teste e validação dessas técnicas serão realizadas no contexto de projeto de operadores morfológicos para processamento de imagens e em reconhecimento de símbolos em expressões matemáticas manuscritas.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Doutorado: (1) . Integrantes: Nina Sumiko Tomita Hirata - Coordenador. Financiador(es): Não informado / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro. Membro: Nina Sumiko Tomita Hirata.
2.	2007-2009. Análise e Classificação de Comportamentos de Doadores de Sangue em Banco de Dados Multidimensionais Descrição: Um dos desafios para aplicações E-Science é a análise em larga escala de séries temporais, originárias de grandes bancos de dadosmultidimensionais. Este projeto propõe a integração de algoritmos de visualização e classificação não-supervisionada de séries temporais armazenadas em banco de dados multidimensionais. Esta integração será validada com a utilização de um banco de dados real de doadores de sangue de três grandes hemocentros do Brasil, de modo a melhor caracterizar o comportamento desses doadores tendo em vista a melhoria da segurança transfusional.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Nina Sumiko Tomita Hirata - Integrante / Roberto Marcondes Cesar Junior - Integrante / João Eduardo Ferreira - Coordenador / Ester Cerdeira Sabino - Integrante. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro. Membro: Nina Sumiko Tomita Hirata. Descrição: Um dos desafios para aplicações E-Science é a análise em larga escala de séries temporais, originárias de grandes bancos de dados multidimensionais. Este projeto propõe a integração de algoritmos de visualização e classificação não-supervisionada de séries temporais armazenadas em banco de dados multidimensionais. Essa integração será validada com a utilização de um banco de dados real de doadores de sangue de três grandes hemocentros do Brasil, de modo a melhor caracterizar o comportamento desses doadores tendo em vista a melhoria da segurança transfusional. . Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Mestrado acadêmico: (2) . Integrantes: João Eduardo Ferreira - Coordenador / Roberto Marcondes Cesar Junior - Integrante / Ester C. Sabino - Integrante / Nina Sumiko Tomita Hirata - Integrante. Financiador(es): (CNPq) Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro. Membro: João Eduardo Ferreira.
3.	2007-2009. Coordenador de projeto CAPES-COFECUB: Raciocínio espacial em imagens: modelagem de relações espaciais complexas entre objetos em função de formas e novas abordagens para o reconhecimento de estruturas em seqüências de vídeo Descrição: Projeto em colaboração com a Professora Isabelle Bloch (ENST-Paris): O raciocínio espacial em imagens é uma área de pesquisa ainda muito pouco desenvolvida, necessitando da criação de modelos de representação das entidades espaciais, de suas relações e de sua integração em modos de raciocínio. A importância das relações espaciais para o reconhecimento estrutural de padrões já foi mostrada em diversas situações. Entretanto, tais relações possuem diferentes significados dependendo da forma dos objetos envolvidos, podendo ainda variar com o tempo em seqüências de vídeo. Este projeto prevê o desenvolvimento de modelos matemáticos para tais relações, bem como de algoritmos de reconhecimento que os explorem no contexto de análise de imagens. Está previsto o desenvolvimento de modelos matemáticos baseados em conjuntos nebulosos que permitam a exploração de ferramentas de fusão de informações e de raciocínio. Tais modelos serão integrados a representações por grafos para o raciocínio e o reconhecimento de padrões. Aplicações previstas incluem o processamento de imagens médicas do cérebro e o reconhecimento de faces em seqüências de vídeo.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Roberto Marcondes Cesar Junior - Coordenador / Isabelle Bloch - Integrante / Luis A. Consularo - Integrante. Financiador(es): Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - Auxílio financeiro. Membro: Roberto Marcondes Cesar Junior.
4.	2007-2009. IAPen -- InterActivePen: Interação via dispositivos de escrita Descrição: Para manipular um grande volume de dados, além de algoritmos ''inteligentes'' capazes de processar o conteúdo dos mesmos, é necessário termos formas efetivas de interagir com os dados. Tradicionalmente, a forma de interação com sistemas computacionais resume-se a interações via interfaces gráficas usando-se dispositivos como o teclado e o mouse. Dispositivos do tipo {\em tablet}, juntamente com uma caneta digital ( stylus), permitem a interação também via escrita. No entanto, a escrita ainda não é uma forma comum de interação, apesar de existirem várias situações nas quais a interação via escrita é mais natural do que via teclado ou mouse. Este projeto propõe investigar a escrita como meio de interação em dois contextos distintos (reconhecimento de expressões matemáticas manuscritas e segmentação de imagens) a fim de propor modelos genéricos de interação via escrita que possam também ser utilizados em outros contextos de aplicação. Desta forma, visa contribuir para a difusão de softwares capazes de explorar todo o potencial da escrita como mecanismo de interação.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (2) / Mestrado acadêmico: (1) . Integrantes: Nina Sumiko Tomita Hirata - Coordenador. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro. Membro: Nina Sumiko Tomita Hirata.
5.	2007-2009. Modelando e Inferindo Ciclo Celular usando Redes Booleanas Probabilísticas Contextuais Descrição: Uma complexa rede molecular é responsável pelo processo de ciclo celular que divide uma célula em duas filhas. Com o intuito de modelar e entender o processo do ciclo celular, uma atenção considerável tem sido dada ao ciclo celular da levedura. Em particular, um modelo que tem chamado muita atenção no estudo de redes gênicas é o modelo de redes Booleanas probabilísticas contextuais que essencialmente é uma coleção finita de redes Boolenas com pertubação (BNp). Uma BNp é uma rede Booleana onde cada gene pode aleatoriamente mudar (trocar) seu valor a cada instante de tempo com uma pequena probabilidade de pertubação. Este projeto tem um objetivo $(i)$ estudar e propor um novo modelo estocástico para o ciclo celular da levedura usando redes Booleanas probabilísticas contextuais mais robusto e estável que o modelo de Zhang et al. e $(ii)$ propor um algoritmo dentro do modelo de redes Booleanas probabilísticas contextuais que a partir de dados de microarray do ciclo celular da levedura, encontre mais genes e/ou mais interações gênicas para serem acrescentados à rede de regulação modelado por Li et al. Espera-se com esta pesquisa, avançar nestes dois pontos para estudo e modelagem posterior de outros processos biológicos.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Doutorado: (1) . Integrantes: Ronaldo Fumio Hashimoto - Coordenador / Roberto Hirata Jr. - Integrante / Carlos Henrique Aguena Higa - Integrante / Nina S. T. Hirata - Integrante. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro.Número de orientações: 2 Membro: Ronaldo Fumio Hashimoto.
6.	2007-2009. Redes de interação gênica semeadas por cliques Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Nina Sumiko Tomita Hirata - Integrante / Roberto Hirata Jr. - Coordenador / Marcel Brun - Integrante / Ronaldo Fumio Hashimoto - Integrante. Membro: Nina Sumiko Tomita Hirata.
7.	2007-Atual. Retrovirus Epidemiology Donor Study - REDS Descrição: Descrição: Há 15 anos os National Institute of Health nos Estados Unidos financia um grupo de seis bancos de sangue nos EUA denominado REDS (Retrovirus Epidemiology Donor Study) que desenvolvem pesquisas relacionadas à segurança transfusional. Em 2005, uma concorrência para que outros países submetessem projetos de pesquisa para fazerem parte desta rede. Com base no mérito do trabalho, foram escolhidos o Brasil e a China para participarem desta nova etapa, que se chama REDS Internacional O projeto terá duração de 4 anos e serão aplicados cerca de US 3 milhões na proposta brasileira. Três hemocentro brasileiros (Fundação Pró-Sangue/ Hemocentro de São Paulo, Hemominas, e HEMOPE) submeteram um proposta juntamente com o Blood Systems Research Institute (BSRI) em São Francisco. Este projeto também terá a participação do Departamento de Ciência da Computação do IME/USP e do Depto. de Medicina Preventiva e Social da UFMG. O projeto será liderado pela Dra Ester C Sabino da Fundação Pró-Sangue e terá a participação dos seguintes pesquisadores do Brasil: Anna Barbara F. Carneiro-Proietti- Fundação Hemominas Divaldo Sampaio - HEMOPE Thelma Gonzalez - Fundação Pró-Sangue Hemocentro de São Paulo Fernando A Proietti - Depto. de Medicina Preventiva e Social da Universidade Federal de Minas Gerais João Eduardo Ferreira - Departamento de Ciência da Computação do Instituto de Matemática e Estatística da Universidade de São Paulo. O principal objetivo do estudo é obter informações que possam reverter na melhoria da segurança transfusional. O projeto prevê o desenvolvimento de um banco de dados que auxilie os hemocentros a analisar os dados guardados por seu sistema operacional. Serão desenvolvidos 3 projetos de pesquisa: a) Risco residual de transmissão de HIV b) Estudo epidemiológico epidemiológico relacionado à validade das perguntas usadas na triagem de doadores. c) Historia Natural da doença de Chagas, com História natural da doença de Chagas.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (2) Doutorado: (1) . Integrantes: João Eduardo Ferreira - Coordenador / Pedro Paulo de Souza Bento da Silva - Integrante / Pedro L. Takecian - Integrante. Financiador(es): National Institure of Health- USA - Cooperação. Membro: João Eduardo Ferreira.

2006

1.	2006-Atual. Aprendizado computacional na descoberta de marcadores moleculares para câncer Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Membro: Roberto Hirata Junior.
2.	2006-2008. Coordenador: Cooperação internacional CNPq/NSF: Facing 3D Descrição: Reconhecimento de faces e expressões faciais em seqüências de vídeo usando informação 3D. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (0) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (0) / Mestrado profissionalizante: (0) / Doutorado: (0) . Integrantes: Roberto Marcondes Cesar Junior - Coordenador / L Velho - Integrante / Matthew Turk - Integrante. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Cooperação / National Science Foundation - Cooperação. Membro: Roberto Marcondes Cesar Junior.
3.	2006-Atual. Modelagem por redes (grafos) e técnicas de reconhecimento de padrões: estrutura, dinâmica e aplicações Descrição: Dentre os desafios enfrentados atualmente pela pesquisa em reconhecimento de padrões, cabe ressaltar três linhas fundamentais: (a) problemas em que elementos devem ser descritos estruturalmente através de uma rede indicando conexões entre tais elementos; (b) problemas envolvendo a evolução da informação ao longo de alguma variável independente (e.g. tempo, no caso de seqüências de vídeo); (c) problemas envolvendo ambos aspectos, i.e. uma rede de elementos cuja dinâmica evolui ao longo de alguma variável independente. O presente projeto temático, unindo os grupos de visão do IME-USP e IFSC-USP, além de pesquisadores colaboradores de outras instituições, prevê o estudo, desenvolvimento e aplicação de técnicas de reconhecimento de padrões com esses três itens formando o tema de integração da pesquisa. Além da área de reconhecimento de padrões, o projeto inclui técnicas e problemas de visão computacional, processamento de imagens e de sinais e bioinformática, todas sendo áreas de trabalho dos pesquisadores proponentes. As atividades de pesquisa tratarão de aspectos de reconhecimento de padrões e de redes em ambas direções: (1) utilização de técnicas de reconhecimento de padrões para auxiliar na análise de redes em aplicações específicas; (2) desenvolvimento de técnicas de reconhecimento de padrões baseadas em redes. Esta linha de pesquisa incluirá a utilização de grafos em reconhecimento estrutural de padrões e raciocínio espacial. Os métodos em tais abordagens são marcados pelo fato que a tarefa de reconhecimento não envolve apenas os objetos em uma imagem, mas igualmente as relações entre tais objetos. Parte da importância da utilização dessas relações advém do fato que tais relações são frequentemente mais estáveis nas cenas que muitas propriedades dos objetos em si. Em particular, pretende-se explorar técnicas que descrevem a estrutura dos elementos em imagens através de grafos. Nesse caso, a rede é formada por elementos de uma imagem cujos arcos representam relaçõe. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (7) Doutorado: (5) . Integrantes: Ronaldo Fumio Hashimoto - Integrante / Junior Barrera - Integrante / Roberto Hirata Jr. - Integrante / Roberto Marcondes Cesar Junior - Coordenador / Nina S. T. Hirata - Integrante / luciano da Fountoura Costa - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Membro: Ronaldo Fumio Hashimoto. Descrição: Reconhecimento estrutural de padrões.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (0) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (0) / Mestrado profissionalizante: (0) / Doutorado: (0) . Integrantes: Roberto Marcondes Cesar Junior - Coordenador / L. da F. Costa - Integrante / J Barrera - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Membro: Roberto Marcondes Cesar Junior. Descrição: Dentre os desafios enfrentados atualmente pela pesquisa em reconhecimento de padrões, cabe ressaltar três linhas fundamentais: (a) problemas em que elementos devem ser descritos estruturalmente através de uma rede indicando conexões entre tais elementos; (b) problemas envolvendo a evolução da informação ao longo de alguma variável independente (e.g. tempo, no caso de seqüências de vídeo); (c) problemas envolvendo ambos aspectos, i.e. uma rede de elementos cuja dinâmica evolui ao longo de alguma variável independente. O presente projeto temático, unindo os grupos de visão do IME-USP e IFSC-USP, além de pesquisadores colaboradores de outras instituições, prevê o estudo, desenvolvimento e aplicação de técnicas de reconhecimento de padrões com esses três itens formando o tema de integração da pesquisa. Além da área de reconhecimento de padrões, o projeto inclui técnicas e problemas de visão computacional, processamento de imagens e de sinais e bioinformática, todas sendo áreas de trabalho dos pesquisadores proponentes. As atividades de pesquisa tratarão de aspectos de reconhecimento de padrões e de redes em ambas direções: (1) utilização de técnicas de reconhecimento de padrões para auxiliar na análise de redes em aplicações específicas; (2) desenvolvimento de técnicas de reconhecimento de padrões baseadas em redes. Esta linha de pesquisa incluirá a utilização de grafos em reconhecimento estrutural de padrões e raciocínio espacial. Os métodos em tais abordagens são marcados pelo fato que a tarefa de reconhecimento não envolve apenas os objetos em uma imagem, mas igualmente as relações entre tais objetos. Parte da importância da utilização dessas relações advém do fato que tais relações são frequentemente mais estáveis nas cenas que muitas propriedades dos objetos em si. Em particular, pretende-se explorar técnicas que descrevem a estrutura dos elementos em imagens através de grafos. Nesse caso, a rede é formada por elementos de uma imagem cujos arcos representam relaçõe. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (7) Doutorado: (5) . Integrantes: Roberto Hirata Junior - Integrante / Nina Sumiko Tomita Hirata - Integrante / Ronaldo Fumio Hashimoto - Integrante / Roberto Marcondes César Junior - Coordenador / Luciano da Fontoura Costa - Integrante. Membro: Roberto Hirata Junior.
4.	2006-2009. Processamento de Requisições em Larga Escala Utilizando o Conceito de Plano de Navegação Descrição: Processamento de requisição é uma aplicação importante no gerenciamento de processos de negócio. Dois dos principais desafios para projeto e implementação de sistemas de processamento de requisi-ções são: (1) inter-operação e integração de sistemas de informação autônomos e heterogêneos; (2) evolução flexível e composição de elementos de software que implementam o workflow de processa-mento de requisições. Nesse projeto de pesquisa propomos o conceito de Plano de Navegação como solução para vários desafios de processamento de requisições. A hipótese principal de nossa pesquisa é que os três estágios de processamento de requisições podem ser separados, implementados, integrados e executados através de interfaces que apóiam tanto a integração de sistemas autônomos e heterogêneos como também a evolução flexível de workflows. Os três estágios são: primeiro, um cli-ente (usuário ou outro programa) gera uma requisição, isto é, um pedido de informação, materiais ou serviços; segundo, a requisição é validada através de uma série de passos de negócio. Isso é impor-tante desde que as requisições validadas possam ser finalizadas apenas quando elas satisfaçam as exigências especificadas nos passos de negócio; terceiro, a requisição validada é submetida aos pro-cessos de execução apropriados para atender às exigências especificadas. A representação e execu-ção de passos de negocio em ambientes de workflows tem gerado vários desafios. Um deles é: Qual é a melhor fundamentação formal e linguagem para controlar padrões de workflow? Algumas das lin-guagens workflow advogam abordagem de Redes de Petri ou Álgebra de Processos, como fundamen-tação formal. Entretanto, a implementação de padrões de workflow descritas por Álgebra de Proces-sos ainda é um problema em aberto. Nessa pesquisa, Álgebra de Processos tem sido usada para representar uma descrição semi-formal da linguagem de definição de Plano de Navegação (NPDL). Seis atividades são propostas nesse projeto de pesquisa para aprofu. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (3) Doutorado: (3) . Integrantes: João Eduardo Ferreira - Coordenador. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro.Número de orientações: 2 Membro: João Eduardo Ferreira.
5.	2006-2010. Reconstrução de faces 3D através de espaços de componentes principais Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Jesús Pascual Mena Chalco - Coordenador / CESAR JUNIOR, R. M. - Integrante / VELHO, L. - Integrante. Número de produções C, T A: 10 Membro: Jesús Pascual Mena Chalco.
6.	2006-2011. Redes gênicas artificiais Descrição: No contexto biológico, as células podem ser vistas como redes de moléculas conectadas por reações químicas. O desenvolvimento de técnicas massivas para coleta de dados, como microarrays de cDNA e SAGE, permitem a verificação simultânea dos estados dos genes em múltiplos instantes de tempo. Uma questão importante na biologia computacional é como os genes são regulados e como eles interagem por meio de redes gênicas. Alguns métodos computacionais já foram desenvolvidos para identificar essas redes a partir de dados de expressão gênica. No entanto, existe uma questão importante continua em aberto: como validar tais redes recuperadas? Este trabalho apresenta uma nova abordagem para validar redes identificadas por métodos computacionais, considerando três aspectos principais: geração de redes gênicas artificiais (AGNs); métodos computacionais para identificação de redes gênicas; validação das redes identificadas.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Doutorado: (1) . Integrantes: Fabrício Martins Lopes - Coordenador / David Corrêa Martins Jr - Integrante / Roberto Marcondes Cesar Jr - Integrante / Evaldo Araújo de Oliveira Filho - Integrante. Financiador(es): Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - Bolsa. Número de produções C, T A: 25 Membro: Fabrício Martins Lopes.

2005

1.	2005-2007. Combinação de Classificadores Descrição: Atualmente existem várias técnicas estatístico-computacionais para classificação de dados e, nos últimos anos, diferentes técnicas de combinação de classificadores (as que se utilizam de mais de um classificador) têm sido propostas. Esta profusão de técnicas para classificação torna o projeto de classificadores uma tarefa não-trivial. Diante deste quadro, um sistema computacional que automatize parte da tarefa de projetar classificadores é altamente desejável, tanto para facilitar pesquisas na área como para servir de ferramenta para usuários que não são especialistas no assunto. Estabelecendo-se tal sistema como um objetivo a médio longo prazo, uma parte fundamental para sua realização é o desenvolvimento de uma visão sistêmica do processo de projeto de classificadores. Conhecer as técnicas existentes, seus fundamentos teóricos e aspectos relacionados a suas aplicações é essencial para o desenvolvimento dessa visão. Neste sentido, este projeto de pesquisa propõe uma ampla investigação teórica e experimental sobre técnicas de combinação de classificadores. Os estudos teóricos serão materializados em forma de seminários e relatórios técnicos, enquanto a experimentação dessas técnicas permitirá a resolução de problemas reais. Ambas serão fundamentais para um melhor entendimento do processo de projeto de classificadores.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (3) / Mestrado acadêmico: (1) . Integrantes: Nina Sumiko Tomita Hirata - Coordenador. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Número de produções C, T A: 1 / Número de orientações: 2 Membro: Nina Sumiko Tomita Hirata.
2.	2005-2007. Coordenador: Edital Universal CNPq 2004: Novas técnicas de reconhecimento estrutural de padrões Descrição: Análise de configuração espacial de objetos e rastreamento em seqüências de vídeo.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (0) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (1) / Mestrado profissionalizante: (0) / Doutorado: (1) . Integrantes: Roberto Marcondes Cesar Junior - Coordenador. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro. Membro: Roberto Marcondes Cesar Junior.
3.	2005-2010. FAPESP Tidia-Ae - Ferramentas de Aprendizado Eletrônico para a internet avançada Descrição: Participação do Laboratório de Tecnologias de Interação do Departamento de Ciência da Computação do IME-USP no projeto TIDIA-Ae para o desenvolvimento de ferramentas de aprendizado eletrônico.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Especialização: (1) / Mestrado acadêmico: (3) / Doutorado: (2) . Integrantes: Carlos Hitoshi Morimoto - Coordenador / José Augusto Soares - Integrante / Leonidas de Oliveira Brandao - Integrante / Crisinta Cerri - Integrante / Leliane Nunes de Barros - Integrante / Fabio Kon - Integrante / Francisco Reverbel - Integrante / Jose Coelho de Pina Junior - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Membro: Carlos Hitoshi Morimoto.
4.	2005-2010. Modelagem por redes (grafos) e técnicas de reconhecimento de padrões: estrutura, dinâmica e aplicações Descrição: Dentre os desafios enfrentados atualmente pela pesquisa em reconhecimento de padrões, cabe ressaltar três linhas fundamentais: (a) problemas em que elementos devem ser descritos estruturalmente através de uma rede indicando conexões entre tais elementos; (b) problemas envolvendo a evolução da informação ao longo de alguma variável independente (e.g. tempo, no caso de sequências de vídeo); (c) problemas envolvendo ambos aspectos, i.e. uma rede de elementos cuja dinâmica evolui ao longo de alguma variável independente. O presente projeto temático, unindo os grupos de visão do IME-USP e IFSC-USP, além de pesquisadores colaboradores de outras instituições, prevê o estudo, desenvolvimento e aplicação de técnicas de reconhecimento de padrões com esses três ítens formando o tema de integração da pesquisa. Além da área de reconhecimento de padrões, o projeto inclui técnicas e problemas de visão computacional, processamento de imagens e de sinais e bioinformática, todas sendo áreas de trabalho dos pesquisadores proponentes.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Junior Barrera - Integrante / COSTA - Integrante / R M Cesar Jr - Coordenador. Membro: Junior Barrera.
5.	2005-2007. Pesquisador Principal: Projeto Rede GIGA-RNP: Aplicações gráficas em redes avançadas Descrição: Aplicações em rede GIGA.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (0) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (0) / Mestrado profissionalizante: (0) / Doutorado: (0) . Integrantes: Roberto Marcondes Cesar Junior - Integrante / L Velho - Coordenador. Financiador(es): Rede Nacional de Ensino e Pesquisa - Auxílio financeiro. Membro: Roberto Marcondes Cesar Junior.

2004

1.	2004-2004. Análise de tráfego usando processamento de imagens Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (2) . Membro: Roberto Hirata Junior.
2.	2004-Atual. Biomedical Research Informatics for Global Health Training Program - BRIGHT Descrição: Projeto conjunto com o IME-USP, MIT e Harvard Medical School, no qual aplicaremos técnicas de análise de imagens por nós desenvolvidas para resolução de problemas em expressão gênica e bioinformática. . Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (0) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (0) / Mestrado profissionalizante: (0) / Doutorado: (0) . Integrantes: Junior Barrera - Coordenador / Lucila Ohno Machado - Integrante / Richard Maas - Integrante / Eduardo Massad - Integrante. Membro: Junior Barrera.
3.	2004-2006. Coeficiente de Determinação, Redes Booleanas Probabilísticas e Regulação Gênica Descrição: A tecnologia de "microarrays" tem se mostrado como uma importante ferramenta para a pesquisa genética envolvendo uma grande quantidade de genes. Um problema chave na análise de expressão de genes, a partir de dados provenientes de "microarrays", envolve a predição da expressão de um gene alvo em termos da expressão de outros genes preditores. O coeficiente de determinação (CoD) tem sido usado para medir a qualidade de tais predições. Uma situação particular de configuração de CoDs define o que chamamos de genes de predição intrinsicamente multivariada. Recentemente, um novo modelo foi proposto na direção de fornecer uma visão integrada de como os genes se interagem: Rede Booleana Probabilística (PBN). Como este modelo tem grande potencialidade para explicar a interação de genes dentro de uma célula, é de fundamental importância um estudo em detalhes no sentido de entender resultados experimentais biológicos já conhecidos e/ou fornecer novas hipóteses para verificação experimental. Este projeto de pesquisa tem como interesse principal estudar problemas relacionados com CoDs e com PBNs. Dentre estes problemas, podemos citar (i) o desenvolvimento de algoritmos eficientes para encontrar genes de predição intrinsicamente multivariada; (ii) a procura por genes de predição intrinsicamente multivariada que poderiam levar a descobertas de importantes processos biológicos em determinados organismos ou em certos tipos de câncer; (iii) o estudo para encontrar uma possível relação entre arquitetura de PBNs e CoDs e (iv) a construção de pequenas PBNs a partir de subconjuntos de genes (genes iniciais) envolvidos em relevantes processos biológicos para descobrir novos genes em "pathways" relacionados com os genes iniciais.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (1) Doutorado: (1) . Integrantes: Ronaldo Fumio Hashimoto - Coordenador / Edward R Dougherty - Integrante / Michael L Bittner - Integrante / Carlos Henrique Aguena Higa - Integrante / Sandro Pereira Vilela - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro / Texas A M University - Cooperação / Translational Genomics Research Institute - Cooperação. Número de produções C, T A: 1 Membro: Ronaldo Fumio Hashimoto.
4.	2004-2004. Design Patterns em processamento de imagens Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (2) . Membro: Roberto Hirata Junior.
5.	2004-2006. In-vivo detection and quantification of matrix metalloproteinases using evolution of post-myocardial infarction Descrição: In-vivo detection and quantification of MMP activity and changes in LV deformation and geometry post-MI. . Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (0) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (0) / Mestrado profissionalizante: (0) / Doutorado: (0) . Integrantes: Marcel Parolin Jackowski - Integrante / Albert J Sinusas - Coordenador / Lawrence Staib - Integrante. Financiador(es): National Institute Of Health - Auxílio financeiro. Membro: Marcel Parolin Jackowski.
6.	2004-2009. Segmentação e busca de informação visual em vídeo Descrição: A revolução digital vem tornando disponível através da Internet uma enorme quantidade de informação, cujo acesso só se torna possível através de avançadas técnicas de busca e organização de dados. Essas técnicas em geral são apropriadas apenas para as informações do tipo texto e embora seja significativa a quantidade de informação disponível na forma de vídeo, imagens e áudio, a busca desse tipo de mídia é apenas possível através de anotações. O objetivo desse projeto é desenvolver formas eficientes de organização e indexação da informação visual em vídeos para tornar mais eficientes as ações de busca, visualização, armazenamento e transmissão de vídeo. Como resultado desse projeto serão desenvolvidos vários filtros para a detecção de atributos de vídeo em vários níveis semânticos diferentes, e uma plataforma onde tais filtros poderão ser integrados para formar um protótipo de um sistema para exploração em grandes bases de vídeo digital, baseado apenas em informações visuais. . Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (0) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (0) / Mestrado profissionalizante: (0) / Doutorado: (1) . Integrantes: Carlos Hitoshi Morimoto - Coordenador / Thiago Teixeira Santos - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro.Número de orientações: 1 Membro: Carlos Hitoshi Morimoto.
7.	2004-2004. Uma grade basead em .Net Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (2) . Membro: Roberto Hirata Junior.
8.	2004-2006. White Matter Analysis from MR Diffusion Imaging Descrição: Develop methods for robust and accurate connectivity measurement in white matter and parcellation of white matter; evaluate and validate white matter methods using synthetic, phantom and real images; study and evaluate the application of these methods for measuring regional white matter differences. . Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (0) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (0) / Mestrado profissionalizante: (0) / Doutorado: (0) . Integrantes: Marcel Parolin Jackowski - Integrante / Maolin Qiu - Integrante / Todd Constable - Integrante / Lawrence Staib - Coordenador. Financiador(es): National Institute Of Health - Auxílio financeiro. Número de produções C, T A: 1 Membro: Marcel Parolin Jackowski.

2003

1.	2003-2006. Classificadores de amostras biológicas baseadas na expressão de poucos genes. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Membro: Roberto Hirata Junior.
2.	2003-2005. Identificação de regiões codificantes de proteína através da transformada modificada de Gabor/Morlet Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (1) . Integrantes: Jesús Pascual Mena Chalco - Coordenador / CARRER, H. - Integrante / CESAR JUNIOR, R. M. - Integrante. Número de produções C, T A: 2 Membro: Jesús Pascual Mena Chalco.
3.	2003-2005. Redes Booleanas Probabilísticas e Bioinformática Descrição: Um problema chave e importante na análise de expressão de genes a partir de dados provinientes de "microarrays" que pretendemos pesquisar envolve a predição da expressão de um gene em termos da expressão de outros genes. O problema de predição consiste em determinar se um determinado gene está ligado ("up-regulated") ou desligado ("down-regulated") em dependência dos estados ligado e desligado de outros genes. É conhecido na literatura que os coeficientes de determinação (CoDs) [] são uma forma de medir a qualidade de tais predições. Neste trabalho pretendemos estudar algoritmos para a computação e ordenação de CoDs estimados (a partir de dados de "microarrays"). Recentemente, um novo modelo foi proposto na direção de fornecer uma visão integrada de como os genes se interagem: Rede Booleana Probabilística. Como este modelo tem grande potencialidade para explicar a interação de genes dentro de uma célula, tencionamos estudá-lo em detalhes no sentido de entender resultados experimentais biológicos já conhecidos e/ou fornecer novas hipóteses para verificação experimental. . Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (1) . Integrantes: Ronaldo Fumio Hashimoto - Coordenador / Carlos Henrique Aguena Higa - Integrante. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro. Número de produções C, T A: 1 Membro: Ronaldo Fumio Hashimoto.
4.	2003-2005. Segmentação de Imagens Digitais Descrição: O objetivo é utilizar técnicas simples de segmentação de imagens, as quais são indicadas a sistemas de tempo real. Integrar um banco de imagens com suas respectivas características "features" e percepções humanas, sendo estas informações utilizadas como entrada de um modelo baseado em funções de base radial (RBFN), no qual pretende-se modelar os limiares de imagens em função de seus atributos.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (2) . Integrantes: Fabrício Martins Lopes - Coordenador / Luís Augusto Consularo - Integrante / Graziela Cristina do Vale Pascoal Rodrigues - Integrante / Alberto Luiz da Silva - Integrante. Número de produções C, T A: 8 / Número de orientações: 1 Membro: Fabrício Martins Lopes.

2002

1.	2002-2007. Aproximação Genômica e Pós-Genômica ao Estudo da Malária Humana na Amazônia Brasileira Descrição: Análise de dados de biologia molecular, particularmente de expressão gênica, para entender mecanismos biológicos presentes no parasita da malária.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (0) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (0) / Mestrado profissionalizante: (0) / Doutorado: (0) . Integrantes: Junior Barrera - Coordenador / Hernando A del Portillo Obando - Integrante. Membro: Junior Barrera.
2.	2002-2004. Cursos / Organização Mundial da Saúde Descrição: Organização de cursos de Bioinformática de curta duração para alunos latino-americanos.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (0) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (0) / Mestrado profissionalizante: (0) / Doutorado: (0) . Integrantes: Junior Barrera - Coordenador / Hernando A del Portillo Obando - Integrante. Membro: Junior Barrera.
3.	2002-2006. Desenvolvimento de ambiente informatizado para análise determinística de dados epidemiológicos e de resistência genotípica do HIV-1. Descrição: Este projeto pretende implementar um banco de dados através da integração de bancos do Programa de DST-AIDS já existentes (SICLOM, SISCEL e RENAGENO) de modo a viabilizar os elementos analíticos para cruzamento de informações vinculadas aos aspectos clínicos, epidemiológicos e de genotipagem dos pacientes com HIV positivo. Pretende-se também adequar ferramentas de bioinformática que permitam analisar sequências do HIV, gerando laudos de genotipagem e subtipagem.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Especialização: (2) / Mestrado acadêmico: (2) Doutorado: (1) . Integrantes: João Eduardo Ferreira - Coordenador. Financiador(es): Ministério da Saúde - Auxílio financeiro.Número de orientações: 2 Membro: João Eduardo Ferreira.
4.	2002-2004. Identificação de Genes que Regulam Fenótipos de Interesse em Agropecuária através da Análise Computacional de Seqüências de Expressão Descrição: Projeto CNPq - Pesquisador. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Roberto Hirata Junior - Integrante / Junior Barrera - Coordenador / Neves, E Jordão - Integrante. Membro: Roberto Hirata Junior. Descrição: Análise de dados de biologia molecular, particularmente de expressão gênica, para pesquisar melhorias vegetais e animais.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (0) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (0) / Mestrado profissionalizante: (0) / Doutorado: (0) . Integrantes: Junior Barrera - Coordenador. Membro: Junior Barrera.
5.	2002-2008. Redução de dimensionalidade em identificação de redes de regulação gênica e projeto de W-operadores Descrição: Estudo e desenvolvimento de técnicas de redução de dimensionalidade genéricas que possam tratar problemas de bioinformática com foco em identificação de redes de regulação gênica e problemas de análise e processamento de imagens com foco no projeto de operadores de janela (W-operadores) para realização de determinadas operações ou análises sobre imagens.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: David Corrêa Martins Junior - Coordenador / Junior Barrera - Integrante / Roberto Marcondes Cesar Jr - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Bolsa. Número de produções C, T A: 29 Membro: David Corrêa Martins Junior.

2001

1.	2001-2002. Análise de Imagens Baseada em Conhecimento Descrição: Projeto de Pesquisa Recém-Doutor - Kit-Enxoval Modalidade Fixação.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (0) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (1) / Mestrado profissionalizante: (0) / Doutorado: (0) . Integrantes: Fabrício Martins Lopes - Integrante / Luís Augusto Consularo - Coordenador. Número de produções C, T A: 6 Membro: Fabrício Martins Lopes.
2.	2001-2006. Aproximação Genômica e Pós-Genômica ao Estudo das Malárias Humanas de Plasmodium vivax e Plasmodium falciparum na Amazônia Brasileira.-ClinMalDB Descrição: A finalização do genoma de P. falciparum, bem como avanços significativos no genoma de P. vivax foram anunciados recentemente na revista Nature [415:702-709 (2002)]. Este projeto propõe o uso de abordagens genômicas e pós-genômicas em três áreas principais de pesquisa em malária: fatores de virulência, genética de populações e quimioterapia. Além disso, através da integração com o Núcleo de Bioinformática da USP, propomos a criação de um banco de dados de seqüências e imagens de microarrays (MalDB) para explorar de modo completo toda essa nova informação biológica.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Mestrado acadêmico: (1) / Doutorado: (1) . Integrantes: João Eduardo Ferreira - Integrante / Hernando A del Portillo, - Coordenador. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro.Número de orientações: 1 Membro: João Eduardo Ferreira.
3.	2001-2004. Coordenador de projeto CAPES-COFECUB: Raciocínio espacial aproximado e análise de formas para reconhecimento de faces Descrição: Reconhecimento estrutural de padrões através de casamento de grafos relacionais com atributos.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (0) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (2) / Mestrado profissionalizante: (0) / Doutorado: (1) . Integrantes: Roberto Marcondes Cesar Junior - Coordenador / Isabelle Bloch - Integrante. Financiador(es): Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - Cooperação. Membro: Roberto Marcondes Cesar Junior.
4.	2001-2004. Pesquisador principal: Edital de Bioinformática CNPq: Identificação de genes que regulam fenótipos de interesse em agropecuária através da análise computacional de dados de seqüências e de expressão Descrição: Métodos de reconhecimento de padrões em bioinformática.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (0) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (0) / Mestrado profissionalizante: (0) / Doutorado: (0) . Integrantes: Roberto Marcondes Cesar Junior - Integrante / Junior Barrera - Coordenador. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro. Membro: Roberto Marcondes Cesar Junior.
5.	2001-2004. Pesquisador principal: Edital Universal CNPq: Análise de formas representadas por landmarks Descrição: Análise de formas representadas por landmarks.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (2) / Mestrado profissionalizante: (0) / Doutorado: (0) . Integrantes: Roberto Marcondes Cesar Junior - Integrante / L. da F. Costa - Coordenador. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro. Membro: Roberto Marcondes Cesar Junior.
6.	2001-2005. Pesquisador Principal: Projeto Temático FAPESP: Desenvolvimento e avaliação de métodos originais e precisos em análise de formas e imagens e visão computacional Descrição: Análise de formas e reconhecimento de padrões.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (0) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (3) / Mestrado profissionalizante: (0) / Doutorado: (2) . Integrantes: Roberto Marcondes Cesar Junior - Integrante / L. da F. Costa - Coordenador. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Membro: Roberto Marcondes Cesar Junior.

2000

1.	2000-2005. Cooperation for Analysis of Gene Expression - FAPESP No.99/07390-0 Descrição: Projeto Temático FAPESP. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Roberto Hirata Junior - Integrante / Hugo Aguirre Armelin - Coordenador. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Membro: Roberto Hirata Junior.
2.	2000-2005. Cooperation for Gene Analysis Expression Descrição: Desenvolver técnicas de análise de expressão gênica e aplica-las ao entendimento de Problemas biológicos, como o controle do ciclo celular. . Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (0) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (0) / Mestrado profissionalizante: (0) / Doutorado: (0) . Integrantes: Junior Barrera - Coordenador / Hugo Aguirre Armelin - Integrante. Membro: Junior Barrera.
3.	2000-2003. Indexing and Data Mining in Multimedia Databases-ImiMD Descrição: Indexação de resultados de classificadores em grandes volumes de dados.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (1) . Integrantes: João Eduardo Ferreira - Integrante / Caetano Traina Junior - Coordenador. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro.Número de orientações: 1 Membro: João Eduardo Ferreira.
4.	2000-2006. Interfaces homem máquina baseadas em técnicas de visão computacional Descrição: Uso de técnicas de visão computacional para o desenvolvimento de interfaces não convencionais. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (3) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (2) / Mestrado profissionalizante: (0) / Doutorado: (0) . Integrantes: Carlos Hitoshi Morimoto - Coordenador / Márcio Raul Medeiros Mimica - Integrante / Thiago Schumacher Barcelos - Integrante / Flavio Luis Coutinho - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro / Ibm Coorporation - Cooperação. Número de produções C, T A: 9 / Número de orientações: 9 Membro: Carlos Hitoshi Morimoto.
5.	2000-2005. Magic Pointer Descrição: Projeto de Estudos Conjuntos com a IBM, para o desenvolvimento e teste do Magic Pointer, uma técnica de interação que utiliza rastreadores de olhar para facilitar tarefas de apontamento.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (0) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (3) / Mestrado profissionalizante: (0) / Doutorado: (0) . Integrantes: Carlos Hitoshi Morimoto - Coordenador / Myron Flickner - Integrante. Financiador(es): Ibm Coorporation - Cooperação. Número de produções C, T A: 7 / Número de orientações: 7 Membro: Carlos Hitoshi Morimoto.

1999

1999-2003. Cooperation for Analysis of Gene Expression-CAGE
Descrição: Cooperação entre professores dos departamentos de Bioquímica e Ciência da Computação da USP para o desenvolvimento de tecnologia para a análise de expressão gênica em diversos contextos biológicos. O projeto contempla a montagem de um laboratório de microarrays na Bioquímica e um laboratório de bioinformática na Computação, que permitam o desenvolvimento de todo processo de análise de expressão gênica por microarrays, desde a preparação bioquímica dos experimentos e aquisição dos dados, até a análise quantitativa desses dados. . Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (2) . Integrantes: João Eduardo Ferreira - Integrante / Hugo H Armelin - Coordenador. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro.Número de orientações: 2
Membro: João Eduardo Ferreira.

(*) Relatório criado com produções desde 2001 até 2014
Data de processamento: 20/06/2014 00:51:30